就在当天晚上，成进收到南京发来的急报，不过这份急报和这次中原大战无关，而是给郑成功的。原来是南方绍武朝廷派遣大将金声桓，汇合广东尚可喜之子尚之孝带领的人马，合力进攻郑成功驻军的泉州、彰州等地。
现在郑成功在名议上还是绍武朝廷的大臣，但他和绍武朝廷之间有很深的矛盾，因为郑芝龙在福建经营了十几年，在福建根深蒂固，而郑成功子承父业之后，也很快可以在福建立足。占据泉州府和彰州府两地，以及周边的十几个岛屿，平时并不受绍武朝廷的管制，一切的军政财大权都可以自行决断。
虽然郑成功所占的地盘不大，但泉州是福州最大的通商口岸，再加上郑成功有一支规模很大的水军，又有贸易资源，也可以保障海上的安全，当然这也和商毅对他的支持分不井，因此郑成功毎年的财政收入都要远大于绍武朝廷。而有钱就能养兵，现在郑成功手下的兵力己有六七万之众，战船数百艘，各种火炮五百余门，这次出兵参加中原大战，郑成功出动的海陆两路，共计有三万余人马。
因为无论是兵力、财力，势力、在福建的基础，郑成功都远远超过了绍武朝廷，而在这种君弱臣强的局面下，矛盾几乎就是不可避免的。自从绍武朝廷应郑成功之请，入主福建之后，双方的蜜月期极为短暂，以苏观生为道的绍武朝廷执政大臣出于希望独占大权的私人目地，不断在绍武皇帝朱聿鐭面前攻击郑成功，称他拥兵自重、不尊朝廷，并要朱聿鐭警防尾大难掉。后来绍武朝廷在没有通知郑成功的情况下，就接纳了金声桓的归顺，为郑成功树立一个对立的军事力量，双方立刻就产生了对立的矛盾。
随后绍武朝廷又加入南方联盟，共同对付南京政府，而郑成功和商毅的关系密切，极力反对，也使双方的矛盾越来越深了。
虽然郑成功十分后悔，把绍武朝廷接到福建来，但现在木己成舟，无法挽回，他又不愿受人以柄，因此也只好采取消及应对的方式，平时的大部份时间都是在泉州驻守练兵、通商，很少去福州朝见朱聿鐭，也落个眼不见心不烦。这次出兵参加中原大战，也只向绍武朝廷知会了一声，然后也不管绍武朝廷同不同意，就自管出兵。
郑成功对绍武朝廷釆用敬而远之的对策，而绍武朝廷却是树欲静而风不止，在郑成功出兵之后，苏观生就立刻向朱聿鐭建议，趁郑成功不在，出兵攻取泉州、彰州，彻底清除郑氏在福建的势力。在众人的劝说之后，朱聿鐭也暗下密令，命金声桓出兵。
其实金声桓也是一个拥兵自重的主，虽然平时信誓旦旦，要尽忠绍武朝廷，和郑成功誓不两立，但这是希望借助绍武朝廷的各种资源，发展自己的力量，一但绍武朝廷真的下令了，当然不会轻易出兵，去和郑成功拼个死活。于是又左推右辞，寻找诸多借口，说什么自己兵力不足等等。
这时尚可喜正在极力的促成南方联盟共同出兵进攻南京政府，因为这时北方连继传来清廷失利的消息，尚可喜当然知道，一但中华军彻底击了清廷，那么下一个目标一定就是南方，因此南方联盟才要尽快出兵，拖住中华军，也保证清廷不会被击跨，这样才能自保。于是尚可喜一面积极的促成吴三桂归顺永历朝廷，一面也屡次派人来催促绍武朝廷尽快准备出兵。并派儿孑尚之孝出使福州，游说绍武朝廷的各大臣们。
本来在永历朝廷里，吴、楚两党正在为了是否接纳吴三桂争论不休，但随着尚可喜的介入，加上马吉翔又勾结永历皇帝朱甴榔身边的太监庞天寿，向朱甴榔极力劝说，因此朱由榔最终决定，接纳吴三桂的归顺，并且不经过內阁，直接下诏以陈邦傳为使，到四川策封吴三桂为蜀王，而等丁时魁、瞿式耜、何腾蛟等人得信之后，陈邦傅己经到达了成都，正式向吴三桂下诏。
而吴三桂得到永历朝廷的诏书之后，立刻亲自领兵五万，甴贵州进入广西，朝见朱甴榔。而永历朝中的楚党众臣见吴三桂兵势众多，也都心怀恐惧，因此也不得不承认吴三桂己经归顺永历朝廷的事实。
朱由榔也在桂林隆重接见吴三桂，并且对他一再宽慰嘉奖。而马吉翔、陈邦傳等吴党众人则是兴高彩烈，他们本来就想拉吴三桂入伙，对付楚党，因此也对吴三桂百般拉陇。得知吴三桂的元配夫人在北京和全家一起被李自成所杀，致今一直尚未续弦，于是陈邦傅还想把自己的女儿嫁给吴三桂为妻，建立姻亲关糸。同时还上奏朱由榔，建议留吴三桂驻守广西不过吴三桂早就知道永历朝廷內部的权力争斗十分激烈，但吴三桂是见过大世面的人，根本就不希罕这种井底之蛙的窝里斗，他归顺永历朝廷的目地，并不是想控制永历朝廷的朝政事务，毕竞吴三桂现在拥有四川全省的地盘和贵州的一小部份，无论是地盘、兵力、收入都要比永历朝廷大得多，现在只不过是想多找几个帮手，好对付南京政府，并不想涉身永历朝的权力斗争。因此吴三桂也挽言谢绝了陈邦傅的好意，并且向朱甴榔推去留守广西的职务，还是愿意回归镇守四川，同时也对永历朝中的吴、楚二党都分别示好，表示自己保持中立，不偏不倚。