在准备对南方进行战争的同时，首先还是要解决台湾问题，毕竟台湾的事情也不能老拖着，另外台湾和褔建，广东隔海相望，一但对南方作战，可以从台湾出击，通过海路直接进攻福建，广东。
因此商毅的计划是首先解决台湾的荷兰人，然后水陆两路，一起出击，以重拳打击福建、广东、广西等地的南明朝廷。而且虽然这时己经进入了十二月，是隆冬季节，但台湾、福建、两广都属于热带地区，并不是十分寒冷，正是对南方用兵的大好季节。
这时南京军区的部队和海军部的各支分舰队也都己经回来，南京军区的第七军也己经赶赴湖南境内作战，**部又下令，派遣南京军区第十七军的辖二十五师、三十三旅赴台湾作战，而护送十七军的，是海军部的第四分舰队。
第四分舰队的司令官正是台湾省长沈寿崇的另一个弟弟，沈寿岳。其实这时台湾有第三分舰队驻守，不过商毅也但心荷兰的巴达维亚当局会派遣舰队来支援台湾，因此再给台湾曾加一个舰队的海军兵力。
第十七军在十二月十二日从南京出发，到达杭州上船，行向台湾。在十二日十八日，舰队到达台湾。
荷兰人修筑的赤嵌城和热兰遮城都是临海而建，大体位于另一时空里的台南市附近，这里海岸曲折，在两城之间有一个内港，叫做台江港。赤嵌城位于台江港的东侧，热兰遮城于台江港的西侧，两城互为犄角，以台江为东面出海港口，北面以鹿耳门屿为屏，南面以七鲲鯓为障，并且在台江两侧修筑炮台，横锁海面，确实易守而难攻。
从外海进入台江有南北两条航路：南航道在北线尾与一鲲鯓之间；北航道，在北线尾与鹿耳门屿之间。南航道口宽水深，船容易驶入，但港口有敌舰防守，陆上有重炮瞰制，必须经过战斗才能通过。北航道水浅道窄，只能通过小舟，大船必须在涨潮时才能通过。在另一时空里，郑成功是借助海水涨潮，才从鹿耳门屿航道偷渡得手，登上台湾岛。
但现在中华军己经基占领了台湾全境，荷兰人只能全线退守到两城里，而台江港己被先期返回台湾参战的第三分舰占领，击败了荷兰海军，切断了荷兰人的海口通道，沿海的炮台也己全被中华军占领，因此第四分舰队也可以大摇大摆的从南航道直接驶入台江登陆。
沈寿崇和沈寿峣早己经得到了通报，因此也赶到港口来迎接中华军。
十七军的军长叫张立东，是特种兵出身，下船之后，和沈寿崇、沈寿峣等几个人客气了一番之后，立刻就开始谈论现在台湾的形式，巴达维亚方面足否真的援助台湾了。
不过这时台湾的局势也发生了一些变化，因为荷兰的巴达维亚当局确实给台湾派来了一部份援军。
在几个月以前，中原大战激战正酣的时候，荷兰的巴达维亚当局己经从撤离的中国商馆人员那里得知，中国决定与荷兰彻底决裂，终断了两国贸易，同时还要求荷兰撤离台湾。
结果在懂事会里又引发了一番争吵，当初反对支助清廷的董事们纷份指责那些投了赞同票的董事，把局面弄坏了，现在失去了中国这个巨大的贸易伙伴，将使公司的利益受损，他们应该为此付全责，而赞同这一决议的董事则大叫着要用武力教训一下中国，建议巴达维亚的荷兰jūn_duì 组成远征军，进攻中国，重新打开和中国的贸易犬门。
正好这时帮助曰本的三艘荷兰战舰也回到了巴达维亚，海军司令官范德萨向荷兰东印度公司提交了一份中华军海军战斗力的报告，在这份报告中，范德萨详细的记录了这次战斗中，中华军的海军战舰的数量、吨位和火炮数量，认为以目前巴达维亚的实力，根本不可能是中华军海军的对手，建议立刻向国內救援，荷兰国内至少要派出一支五十艘战船，一万名士兵组成的远征军，才有可能与中华军对抗。
范德萨报告的提出，在董事会里又引发新一轮的争吵，出战的声音也小了许多，除了少数几个顽固份子以外，有不少董事们也担心，如果派出舰队被中华军击败，那这个责任谁来承担；但董事会同样也承受不了丢掉台湾的责任，总之现在是两头都不讨好。