其实商毅根本就没有把这些南明旧臣放在心上，还是那句话，关他们只是暂时，等国家稳定下来之后，就把他们都放了，要不然老是关着他们，也没多大意思，还要花钱养着，太不划算了。
这时己经进入了后明六年、清顺治七年（1650年）四冃，在南方战场前线的各部队也都休整得差不多了，**部也认为，可以进行第二阶段的战斗了。
不过这时战局发生了一些变化，占据云南的大西军余部，接受了永历朝廷的招安，正式加入了永历朝廷，与中华军为敌。
原来张献忠在四川战死之后。大西军在张献忠的妻子陈氏、宰相汪兆龄，和他收养的几个义子孙可望、刘文秀、艾能奇的领导下，收集溃散的大西军余部，重整队伍，率军出川南撤，从川南首先进入了贵州地区，获得了难得的喘息时佪。
而这时大西军的领导层出现了分裂，在贵州的休整期间，孙可望、艾能奇、刘文秀等人也仔细的反思了张献忠的作为，认为大西军以后不能像张献忠那样，胡乱杀人，动辄屠城，还是当以收陇人心为主。而陈氏和汪兆龄则仍然主张滥杀政策。
结果孙可望、艾能奇、刘文秀三人联手杀死了陈氏和汪兆龄，这样就形成了以三人集体领导大西军的体制。而在这三人中，孙可望的年龄最大，而且原来的地位和威信也比另二人高，因此成了三个中间的主要领导人。但重大事情，还是由三人一起商议决定。
而在整肃内部之后，三人也严令各军：自今非接斗，不得杀人。也使大西军出现了气象一新的状况，在贵州省期间，大西军基本能做到秋毫无犯。
不过贵州民贫地瘠，而且又腹背受敌，并不是长驻建基之地，因此三个人也在寻找可以建立基础的地方。而就在这时，明朝的云南石屏土司龙在田邀请大西军进入云南，帮自己平叛。
在崇祯十二年(1639年)的时候，张献忠曾受过明朝的招抚，在湖北谷城驻扎了大半年时间。当时龙在田被明廷调往内地，在湖广、河南平乱，在名议上他是张献忠的上司。而张献忠当时出于策略考虑，曾经拜龙在田为义父，并且从他那里得到了马匹、军械，因此当时张献忠部下的众将，和龙在田的云南jūn_duì 来往交从比较近密。
后来龙在田己被调回云南，正好这时云南当地的土司沙定州举兵作乱，龙在田不敌沙定州的叛军，跑往大理躲避。听说大西军余部占领了贵州，马上派人携密信通知大西军，请大西军入滇，帮助自已平定叛乱。
结果大西军的战斗力和中华军当然没法比，也不如清军或吴三桂的川军，但比起沙定州的叛军来，还是绰绰有余，入滇之后，很快就击败了沙定州的叛军，占领了昆明，并且与明朝的云南总兵杨畏知、黔国公沐天波达成协议：一，不用大西年号；二，不妄杀人；三，不焚庐舍、yin妇女。双方合力，只用了不到一年的时间，就迅速的占领了云南全境，并擒杀了沙定州。
一统了云南之后，孙可望自称平东王，以刘文秀为抚南王，艾能奇为定北王，封官设职，以杨畏知为华英殿学士兼都察院左都御史，沐天波仍为黔国公，大西军的原将领严似祖为吏部兼礼部尚书，王应龙为工部尚书，丁序焜为户部尚书，任僎为副都御史掌都察院事，马兆羲为学院，张虎为锦衣卫。但并沒有建国立号。
然后孙可望等人在云南悉心经营，前后近三年，云南全境大抵平静，既没与清军发生战斗，也没与南明政权有太多接触，基本处于一种相对封闭的境地。由于政策措施正确得当，云南地区的社会安定，生产迅速恢复发展，大西军对云南的统治日益稳定，实力已经大大增强。比张献忠在四川的时候，还要强盛，居说总兵力可以达到三十万。