现在的南京政府，依然还是甴**部为主导，在秩序上，內阁依然排在**部之下，但随着南京政府的地盘扩大，內阁的实际权力己经凌架在**部之上，因为大部的地区都由jūn_duì 移交给了地方行政机构管理，也就是说内阁实际控制了地方上的大部地区。
但在中央机构中，內阁还是在**部的支配之下，这样也就不可避免的形成了一个矛盾的对立，而且从职位上来说，也是这样，在内阁里，王夫之是首辅，而李岩是次辅，王夫之是高于李岩的，但李岩还兼任着**部的部长，**部又是高于内阁的。结果这就矛盾。
当然在以前商毅的主要精力是在军事方面，实际上主管了**部的工作，而李岩只是商毅的下属，付责协调给战部和內阁的关糸，到也没太大的问题。但现在商毅的注意转到了内政方面，**部的主要工作都由李岩实际付责，因此矛盾也就自然产生了。
不过商毅知道，这种情况其实是很正常的，在战争时期，由军方来主导，而到了和平年代，则由內阁或议会为首要，这在任何国家、任何时代都是合理的。只不过现在的南京政府处在两个时期的过渡期，因此才产生了矛盾。只要等天下统一，或是大局己定，重新更改权力结构，也就可以消除这矛盾了。当然由內阁或议会为最高权力机构，是大势所趋的。
但在处理吴三桂的这件事情上，商毅还是倾向于李岩的意见，因为是吴三桂首先拒绝的南京政府提出的条件，选择了战争，现在打败了，还想用和平的方式解决，那有那么好的事情。而且现在南京政府同样也正在和大西军谈投降的条件，如果吴三桂开了这个头。那么孙可望、刘文秀等人会不会效仿，不管怎么说，先和中华军打一仗，等打不过了，再谈投降的条件。
因此那怕是要付出一定的牺牲，也不能接受吴三桂要求，现在吴三桂只能接受无条件投降。不然就以武力解决，同时也是警告其他与中华军为敌的势力，不要抱以侥幸心理。
商毅做出决定之后，王夫之也没有再坚持，因此对吴三桂的处理，就这样决定下来。
会议结束之后，商毅发现众大臣并没有像平时一样起身告辞，仍然都还端坐着不同，商毅也不禁有些意外，道：“各位，还有什么事吗？”
王夫之等人听了，这才纷纷从座位上起身，全部都跪倒在地上。商毅也吓了一跳，虽然他称王了好几年，但礼仪都沒有变，除非是重大的正式场合之外，其他的场合都不用行跪拜礼，因此道：“这是怎么了？”
王夫之道：“我们等一致恭请大王立刻称帝。”
商毅也怔了一怔，过了好一会儿才道：“各位都先起来说话。”
众臣都站起身来，但都没有落座，而是恭恭敬敬的站在会议桌两侧，商毅到也没有纠结这些细节，笑道：“原来不是说好的吗？攻入北京之后，再行称帝之礼。怎么现在好端端的又劝我称帝，再说我们攻入北京，也不过就是一二年的时间了，难到各位连这一二年也请不及了吗？”
王夫之道：“大王明鉴，此一时，彼一时也，当初决定先入北京者，可以为天下之主，仍是因为绍武、永安、永历这三个南明朝廷倶在，故以此为激。而且中原大战之后，清廷己不堪一击，若不是这三个南明朝廷出兵犯我南境，早取北京多时矣。因此是南明约先再先，非是我们无信。何况现在南明匀已被我们所灭，天下无主。大王在此时登基，乃是顺天应人，如还不早正大位，恐失天下之望。”
李岩接着道：“当今天下十分，大王己占其九，而且功劳盖世，威信素著，天下人皆仰望，妇女儿童迹早盼大王面南背北，开基建朝了，何况大王方才也说，攻入北京，不过就是一二年内，既是如此，大王又何必斤斤计较这一句空诺呢？何况建州满清犬夷之邦，蛮荒之部，居然也枉自尊大，黄牙ru子，无知小儿，竟也伪居高位，何况大王众望所归，大王理当早登高位，以慰天下所望。”
堵胤锡也道：“如今满清虽说是伪尊高位，但毕竟也是建基立朝，建国立号，而大王只以一介王爵，岂无国号，也无年号，其他纵行北伐京师之举，只恐出师无名，纵然号令天下，也是名不正而言不顺，因此大王唯有称帝，方可名正言顺，出师有名，号令天下，莫敢不从。”
李格非也道：“其他几位大人都所言极是，请大王尽早登基，不可自误。”