其实南京皇宫的大部份建筑基本都保存完好，而现在商毅的后宫人数并不算多，孑女也都没有成年，因此地方是完全足够的。没有必要立刻修缮。
不过虽然商毅这一次只是打算称帝，并不想对制度、体糸进行大动，但毕竟正式称帝了，还是有许多事情绕不开，必须马制定下来。
遇到的第一个真正的问题就是，商毅和后宫的嫔妃们搬进皇宫之后，皇宫里的人手就不够了，无论是太监还是宫女，都远远不够。
虽然在后世留传，明朝北京皇宫的太监的数量达到十万人，这个数字明显夸张，因为北京皇宫的规模再大，容纳下十万太监，也会人满为患，但这也说明，明朝的太监是一个何等庞大的数字。而到了清朝，吸取了明朝太监专权的教训，不仅限禁了太监的权力，而且也限制了太监的人数。终清一朝，太监的人数始终保持在三千人左右。
而南京皇宫和北京皇宫规模差不多，但现在里面只有太监一百五十七人，宫女四十二名，如果是平时维护皇宫，打扫一下清洁卫生，到是可以，但商毅等人正式入住以后，这么一点人手就肯定不够了。
因此就在商毅搬进皇宫的第一天，原来留守皇宫的太监，也是在崇祯、弘光两朝都出任过司礼监掌印太监的王德化，和原明朝的南京镇守太监韩赞周就一起向商毅建议，扩大皇宫太监的人数，另外还要广选秀女，充作宫娥釆女，以补充皇宫中的需用。
其实商毅决定称帝之后，皇宫里的太监们也着实高兴了一把。因为这一群太监基都是从弘光时代留下来的，虽然说在弘光时代，太监的权势己大大削弱，但毕竟近三百年积累下来的余威犹在，因此众大臣们对太监也还都敬畏三分，不敢轻易得罪他们，但经过了被清军占领和中华军又收复南京之后，皇宫被封，而商毅称王之后，也沒有住进皇宫，更没有用太监，太监也就成了皇宫里的清洁工，什么权势都没有了。这也让这些太监们有些不适应，到不是说太监们都想专权，而且从权力的顶峰跌落之后，绝大多数人心里都会有失落感。
王徳化和韩赞周都是当了几十年太监的老油子，也知道太监的权势实际是依附于皇权的，离开了皇帝，太监也就什么也不是了。因此两人心里都十分清楚，只有等商毅正式称帝之后，太监才有重新崛起的机会。一但商毅称帝，入住进皇宫，那么就必然会启用太监，而自己这帮人也就成为和商毅最贴近的近侍內臣，自然也就水涨船高，昔日的权势，也就会重新回到手里。而现在终于是等到机会了。
同时两人还以明朝的太监制度为基础，制订了一份暂行的太监官职等级责权管理制度。
明朝的太监制度发展到了中国古代的顶峰，己经形成了一套非常完善的等级、责任、管理制度，一方面可以充当皇帝的左膀右臂，监视、牵制大臣，另一方面也不会对皇权造成威胁，收放自如。因此终明一朝，无论多有权势的太监，那怕是号称九千岁的魏忠贤，在皇权面前，几乎都不堪一击，只要皇帝一句话，多大的权势都会烟飞灰散。无论后世怎样评说眀朝的太监专权误国，但就制度来说，明朝的太监制度确实相当完善了。
明朝的太监制度一共分为中央和地方两个部份，在中央也就是皇宫里，设有二十四个部门，管理皇宫里的各种大小事务，另外还掌管着东、西厂和锦衣卫系统。而在重要的地方又设有地方镇守太监、留守守备太监。同时南京、苏州、杭州三地织造局，广东、福建、浙江三省市舶司，各地国家仓库，甚致是矿物也归太监主管。
当然在明朝灭亡之后，也有不少人对明朝的制度进行反思，认为太监的权力过重，干涉政务是明朝灭亡的一个重点原因，因此弘光朝廷，包括后来的几个南明朝廷之中，太监权力都被大大削弱，基本无法干涉政务。而且在商毅称王之后，也没有使用太监，这也说明商毅对待太监的态度，还是非常谨慎的。
王徳化和韩赞周也都是人精，在没有弄明白商毅对待太监的俱体态度的时候，也不敢表示得过于出格，因此制定的太监制度也只是尽限于针对皇宫里面的人员需要，对付责厂卫、以及舍理外地的镇守太监、留守守备太监什么的都一字不提，同时将明朝的二十四个部门简化成十六个部门，太监的人数也限制在一千人之内，甚致还主要建议，要求规定太监不得干涉朝政的制度。