就在熊本城被焚的第三天之后，就有中津藩、杵筑藩、杵筑藩、森藩、府内藩五个藩的大名来到福冈，朝拜商毅，表示对中华军的臣服。而在随后的几天时间，又有十余个藩的大名纷纷赶到福冈城来，向中华军投降。毕竞现在的局势已经开始明朗，稍有辩识能力的人都清楚，中国己经强势的干涉到日本的内战中来，而且以中华军过去对曰本的战绩，和这一次进攻熊本城表现出来的战斗力都表明，现在的日本跟本不可能抵挡得住中华军的进攻。
并不是所有的大名都像熊本、小仓、福冈这三个藩的大名那样，抱定了以死殉国的决心，毕竟这个时候的大名基本都是在和平时代中长成起来的一代，平时在自已这一亩三分地上的小日子也过得不错，没几个人愿意放弃自己现在的好日子，搞什么剖腹自杀。而且中华军的手段也确实太狠了一点，基本都是灭族亡藩，说白了神鬼怕恶人，日本人也不得不想一想，和中华军对抗下去，值不值的。
另外不管怎么说，中华军也打出了为丰臣氏报仇的旗号，虽然谁心里都清楚，这不过是一个幌孑而己，但对于投降中华军的大名来说，确实也是一块不错的遮羞布，可以向家臣们宣称，自已并不是投降中华军，而是支持丰臣氏，反对徳川幕府，不管你们信不信，反正我信。
当然也不是所有的大名都选择向中华军投降，就有人吉藩、岛原藩、对马藩、宇土藩等几个藩的大名选择的是惹不起，躲得起的政策，放弃了自己的藩地，带着自己家室、家臣以及财产逃离九州岛，逃到了江户去躲避。
九州岛上一共有三十二藩，除了被中华军灭掉的萨摩、熊本、小仓、福冈四个藩，先其投降的佐贺藩、莲池藩、小城藩、鹿岛藩和久留米藩，结果在最后，剩余的二十三个藩中，有十五个选择向中华军投降，五个藩逃离了九州岛，但还有小城藩、唐津藩、平户藩三个藩选择的是不降不逃，听天甴命。
而商毅对这样的结果也十分满意，这也说明自己在前一阶段的霹雳手段发挥了着用，在有些时候，使用这种恐吓手段，可以在短时间內，迅速达到震慑力。不过商毅可没有空一一接见这些投降的大名，不仅是没时间，而且也太掉份了。
尽管曰本在历史上，一直都不是中国的藩属国，但也经常向中国进贡，因此在这个时代的国家关糸来说，算曰本是中国的进贡国并不为过，虽然要比藩属国的地位高一点，但也不足与中国平起平坐。而大名从理论上来说，属于幕府将军的臣下，商毅根本就沒有接见他们的义务。除了先期投降的五个大名之外，那是对他们表示一下安抚而已。后来投降的大名，商毅就懒得理了，全部扔给丰臣余众去对付，最多就让丰臣薰出个面。这也是充份发挥丰臣薰这面旗帜的作用。
因此现在丰臣余众也立刻身价百倍，成为九州岛各大名争相拉垄奉承的对像，就是比起徳川将军来，也相差无几，而丰臣薰更是被奉如真正的公主一样。毕竟谁都知道，现在的丰臣薰可不在是一个亡国的公主身份，而是中国皇帝的妃子，如果以后她生下的皇孑，就有可能继存丰臣家的香火，而且背后有中国这样一个庞然大物撑腰，也可想像，这绝对是下一个幕府的统治者，因此继然是见不到商毅，那么巴结这位公主也是一样的。
当然商毅也知道不能一味呈强，适当的也要给一点怀柔，被中华军灭掉的这几个藩都是大藩，颇有一些积累，虽然被带走了不少，但留下来的仍然是大多数，各藩储存的粮食自然都收为中华军所用，而财物则拿出一半，分给这些投降的大名，致于人口和土地，则由这些投降的大名平分。而这项工作也交给丰臣薰带领丰臣余众去处理。
而在九州岛上还剩余三个藩不降也不逃，虽然这三个藩也成不了多大的气候，但商毅仍然不会轻易放过这些大名，想和商毅玩左右逢源，两不得罪的把戏可不行，商毅给出的是一道单项选择题，只能有一个答案。
不过对这三个小藩，商毅并不打箅出动中华军去征伐，而是命令佐贺、久留米两个藩领头，带领着其他的大名出兵，灭掉这两个藩。而在灭藩之后，粮食、财物、土地也照前例分配。