和前面的马京达努，苏禄两国不同，面对着中华军的压境，文莱王室十分知趣的选择了无条件投降，并且打开城门，放中华军入城。因为在苏丹阿都贾里鲁阿巴一世看来，和中华军对抗，无疑是死路一条，因此反正都是死，不如选择无条件投降，来碰碰运气。
于是商毅等一行人离舟上岸之后，也十分顺利的进了文莱城，然后在文莱王宫里居中高座，招见阿都贾里鲁阿巴一世，不过商毅也当众宣布，鉴于文莱主动投降，可以赦免其协助荷兰与中国为敌的罪行吗，保留文莱苏丹国。
其实商毅接纳文莱归降，并不是因为文莱王室愿意主动归降，而是这一次出战南洋的目地，只是要赶走荷兰在南洋的势力，在南洋地区重新恢复中国的藩属统治，但并不是要把南洋各国都并为中国的领土。
因为现在的中国，也还没有这么大的胃口，能把南洋一口吞下来。就算是把南洋各国都灭了，中国也无法对其进行有效的直接统治，就箅是移民，也是一个长期的过程，因此现在最好的方式就是效仿曰本、朝鲜一样，把这些南洋国家再度收为中国的藩属国，然后通过移民、贸易、文化等多方面的手段，逐步同化这些国家，相比于历史悠长的日本、朝鲜来说，南洋各国的历史也不过就是近三四百年，底蕴浅得很，同化他们要比曰本、朝鲜容易得多。
虽然在此前，中华军连灭了马京达努，苏禄两国，但这两个国家本身并不大，而且他们的领土是吕宋群岛的一部份，另外也是借灭这两个国家来警示南洋各国，凡事与中国为敌作对的国家，是不会有好下场的。因此宰了这两只鸡之后，现在就该施以一点怀柔政策了，才对文莱网开一面，也是向南洋的其他国家表示，只是顺服于中国，就可以保住自己的王位。在大棒抡了一通之后，也该扔两根胡萝卜，否则就会逼着南洋各国跟着荷兰一条路跑到黑，这样对中国也不利。
另外文莱的领土面积，人口要比马京达努，苏禄都要大得多，而且他们所在的加里曼舟岛是商毅选定与荷兰舰队的战场，同时也是未来进攻巴达维亚的前沿阵地，因此接纳文莱王室的投降，对于中华军的下一步战斗，大有益处。如果将文莱灭亡，国民未必会心服，在中华军与荷兰舰队决战期间，如果在背后使点小动作，扯点后腿，也是非常麻烦的事情。
文莱王室当然不知道这些套头，因此也十分庆幸，而阿都贾里鲁阿巴一世也是感激涕零，也当场向商毅三叩九拜，表示文莱将永奉中国为正朔，做中国的藩属国。同时也表示将倾全国之力，帮助中华军迎战荷兰。当然阿都贾里鲁阿巴一世还主动把王宫让出来，请商毅居住，而自己住到大臣的家里。
不过文莱虽然投降了，但商毅也不敢大意，还是分派兵力，牢牢守住文莱城，并控制文莱的王室、各大臣，占领各个要口关隘，同时又派人去打探荷兰舰队的动向，并且在文莱修城立寨，屯集粮草物资，又派人去吕宋，催促下一批军用物资和驻守吕宋的十七军，都尽快赶到文莱来。而且随行的还派一批地质勘测人员过来。
加里曼丹岛是世界第三大岛屿，总面积为七十四万平方公里，差不多相当于一个青海省的大小、是湖北、湖南、江西、安徽四省面积之和。但在这个时候，加里曼丹岛的大部份都还没有人类居住，仅仅只是在西北沿海和南部的小块地区。但商毅却知道，这个现在还处于蛮荒时代的大岛上，蕴含着比较丰富的金、银、铜、铁、金钢石等矿产资源，这些都是现在中国用得着的。而且有一些矿产的大致位置商毅也知道，而且文莱都开釆了几个，如果能够尽快找到一两个金矿或银矿，商毅回国之后，对国内也好说一些，这次南洋战争，是有成果的。同时对移民南洋也是有好处的的，淘金当然是一个非常有吸引力的目标。
另外在加里曼丹岛未开发的地区还有大批的森林、木材资源，也是中国正需要的。因为造船正需要大量的木材，在两百年前，中国的航海活动之所以停止，观念因素固然是主因，但缺乏木材也是一个客观存在的原因。而且在这一点上，早期的大航海国家都遇到过这个问题。因此商毅也要未雨绸缪，先把南洋的林木资源用起来再说。
而这一段时间里，商毅也毎天和众将一起排演中荷海战的过程，从中研究这一战的得失，和应对荷兰舰队的战术，同时也在等待着荷兰舰队的到来。