而王夫之等人听了以后，也觉得心理有些沒底，毕竟他们也知道，这批人都是非常顽固，不是那么容易被说服。因此全场一下子也都静默了下来。众人的目光也都集中到商毅的身上，这个时候只能由商毅来拿主意。
刚才众官员发言讨论的时侯，商毅一直都没有发言，只是听着每一个人的讲说，他当然也不同意釆取过激的做发，除了刚才众官员发言的理由之外，商毅也不愿意开这个坏头，一切都用权力来强行解决，治国毕竟不同于打仗，可以快刀斩乱麻，还是应该多勾通、协商来解决。
见众人都看向自己，商毅笑了一笑，道：“诸位所说的都没有错，对这些学者上京，也是为朝廷进谏言，应当礼相待，晓之以理，使其心悦成服，自愿离京。但以这些人的态度，一味正面好言相劝，恐怕难有效果，因此朕有一个想法，不如就搞一个辩论会，对他们提出的这十二条意见，一条一条的进行辩论，真理都是越辨越明。让他们辩输之后，服服气气的离开南京。”
等商毅说完之后，在场的二十余位官员也都怔了一怔，被商毅这种奇思妙想的办法给弄得有些不知所措了。而商毅接着又道：“而且这次辩论的内容，全部公开进行，可以任甴南京的学者、学生傍听，并且将双方的发言全部都记录下来，在报纸上公布发行，并且结集出版，让天下学者、学子都能够看到，这样就算是辩不出一个结果来，孰是孰非也可以由天下人去评说。”
王夫之这才明白了商毅的意思，说白了就是把一次政治事件转化成学术争论事件，这样就好办多了，而且辩论多久都沒有问题。这边该辩还辩，而内阁还是该干嘛干嘛，不会影响到政府的行政，就当是把这三百多号人养在京城里。另外王夫之对辩论还是有充份的信心，一来他认为现在帝国实行的这些国策是决对正确的，当然不怕辩论，而且这近两年以来国会一直都在各种辨论中渡过的，在这方面也有很丰富的经验，这一点有辩论的时候还是非常重要的，光有理是不行的，还要能够充份的表达出来。
而黄宗羲、顾炎武、方以智等人也认为啇毅的这个意见可以一试，致少比一味的劝说靠谱一点。其实在讨论学术的时候，也经常会进行辨论，有时是面对面进行，有时是通过书信来往进行。在南宋期间，就发生了中国思想史上的两次很要的辩沦，一是朱熹和陆九龄、陆九渊兄弟之间的鹅湖之会，进行了“求知”和“求心”之辩，另一个是在稍后一点的时候，朱熹和陈亮之间的以书信来往的形式，发生了王霸利义之争，这两次辩论，对于各人对自己的学术完善，以及思想发展都有很大的帮助。
虽然进入明朝以来，虽然沒有再发生像这两次辩论这样有重要影响的辩论了，但明朝各学派学者在交流之中，互相辩论也是常事。甚致从另一面来说，举行这一次辩论，对于学术交流来说，还是一件非常好的事情。现在中国的新旧思想冲突，这些学者们都能够感觉得出来，如果举行一次辩论会，让新旧思想来一次正面碰撞，对于新思想的宣传和发展，加强新旧思想的交流，消除双方的对立情绪，也是非常有用的。
绝大多数的官员都支持商毅的意见，而虽然有一些人对此还有保留，但因为是皇帝的意见，也不便反对，反正也可以试一试。
见众官员基本都赞同自己的这个主意，商毅也立刻下令，让内阁来安排。首先是要通告给这些请愿的人员，因为辩论是双方的，对方要同意才能够举行。
在接到了内阁的通告之后，几名组织者只是简单的讨论了一下，就答应了下来，因为进京请愿的人员也沒有拒绝的理由，如果他们认为自己的意见是正确的话，那么也就不该害怕辩论。另外在进京之前，领头的几个学者也都有一定的思想准备，现在大部人都知道国会的运作方式，因此也有人做好了准备，在国会中进行辩论，甚致还想过可以一举成名。虽然说这次不是在国会中进行辩论，但却是完全公开，见报，而且还可以结集出版，也算是另一种成名的方式。
双方都同意了举行辫论，那么接下来就是协商辩论的规则，每一场辩论的辩题、出场人数，发言时间，违规人员怎样处瑵等等都做了相应的规定。毕竟辩论不是吵大街，想怎么说就怎么说，或是漫无边际的跑题等等。在这方面国会经过了几年的运作之后，有足够的经验。而且规则对双方都是有效的，因此请愿人员也没有异议,全部都答应了下来。
于是双方都开始积极的准备，而这次进京请愿的行动，也在商毅巧妙的引导下，偏离了当初的目标。