城墙被炸开之后，中华军的突击队立刻从炸开的缺口杀入城中，而在此前的战斗中一直都表现得十分勇猛的俄军士兵，这时却都纷纷举手投降，并沒有进行殊死的抵抗，因此中华军也十分顺利的杀过了城墙缺口，攻入了尼布楚城里。
本來城里还有三四千俄军，如果俄军拼死抵抗的话，以俄军强悍的近身作战能力，还是可以对中华军造成相当大的损失的，但一來刚才俄军最后的突击己经消耗掉了俄军的锐气，而中华军攻城时的强大火力也给了俄军巨大的震慑力，也使俄军终于明白，自己是遇到了一个根本就不可能战胜的对手，这一次到东方來作战，本來就是一个错误，现在尼布楚城己经大势己去了，继续抵抗下去，根本就是死路一条，而哥萨克人本來就沒有民族、国家意识，虽然说投降也是生死不知，但至少还有一线生机，因此俄军的士兵们谁都不愿再死战下去，于是都是成群结队的向中华军投降。
结果中华军攻入尼布楚城之后，基本沒有遇到任何抵抗，投降之后的俄兵也都十分老实，放下武器，解除了武装，在中华军指定的地方聚集下來，中华军则迅速的在尼布楚城里扩展开,很快就占领了除了总督府以外的其他大部份地方。
这时在尼布楚总督府里，还有巴什科夫、别克托夫、捷潘诺夫等几名军官和二百余士兵，还在继续负隅顽抗，其实在这个时候，按这几个人心里的想法來说，也并不想抵抗，因为谁都知道尼布楚己经大势己去了，抵抗只有死路一条，但他们也非常但心，由于自己在前几天有了表面讲和，而暗地里却偷袭中华军的事情，普通的士兵投降了，也许还有一条活路，而自己投降，那就很难说了。
而现在继续抵抗下去，自己也同样看不到任何希望，因此几个人也大眼瞪小眼，也都不知该如何才好，而心里都十分后悔，要知道是现在这个结局，那么就早该撤出尼布楚城算了，但现在枪声越來越近了，留给他们的时间己经不多了。
巴什科夫首先沉不住气了，道：“各位，我们己经沒有多少时间了，抵抗下去，肯定是沒有活命的机会，因此仪决定向中华军投降，碰一碰运气，也许还有机会的，致于你们，我并不要求你们一定要做和我一样的选择。”
其他人听了，也都互相看了几眼，别克托夫道：“总督大人，我们也都一起投降吧，要死大家就死在一起，如果上帝保佑我们，那么大家也能一起活下來。”
他这一表态，其他也都纷纷表示，都愿意投降，碰碰运气，而这时只听外面“轰”的一声巨大的爆炸声响，愿來是总督府的大门己经被中华军的火炮给轰开了，巴什科夫赶忙道：“快、快，我们快投降，要不然就晚了。”
果然中华军轰开了总督府的大门之后，硝烟刚刚散尽了一些，只见有五六俄军打着几面白旗，从总督府里冲了出來，有人高举着双手，不停摇晃，以示自己并沒有拿武器，而且还大叫道：“投降、投降，别打了，别打了。”
虽然中华军听不懂他们说的是什么，但看样子也差不多能够明白，因此也停止了射击，将投降的俄军都控制起來，而总督府的其他官兵见了，也都纷纷举手出來，全部投降，总督府也就这样被中华军攻占。
占领了总督府之后，尼布楚城也被中华军完全占领，城里所剩佘的四千七百多名俄军，以及居民全部都像中华军投降，而且也标志着这一次中俄战争结束，史称第一次中俄战争。
这一次中俄战争，是以中华军的全面胜利而告结束，中华军一共歼灭了俄军六千二百三十五人，历次俘虏投降的俄军有五千七百七十九人，逃走的俄军只有二三百人，而中华军自身的损失只有阵亡了七百三十三人，另有四百二十一人受伤，而在这一战中，中华军还缴获了俄军的战马三千二百五十七匹，火枪六千余支，火炮十门，军车八十余辆，其他的武器、帐蓬也达到六千余件。
而且这个时候沙俄在尼布楚城盘据己有数年时间，因为沙俄政府是将尼布楚城做为侵占黑龙江流域的基地，因此在修建尼布楚城的时候，并不仅仅只是按一个军事堡垒标准，而是一个综合性的城市，因此尼布楚城的规模要比雅克萨城大得多，而在城里除了军用设施以外，还修建了不少民用建筑，有教堂、行政厅、旅馆、酒店、妓院、商铺以及许多民房，现在尼布楚城里已有三千多常住人口，其中大部份都是俄兵的家属，有相当一倍份都是女性，也有少数是到东方來进行贸易的商人，或是其他的冒险者，人口是以哥萨人为主，另有少量其他民族。