文鸢带着重新恢复的明军，再次向长崎推进，他极有耐心的用了一个月才拱到了长崎，一路上他使用的兵力只有三万，次第推进，一万前锋，一万中军，一万断后，时刻保持着三路大军物资给养的充足，始终不脱离海岸。
这种做法像极了曾国藩向天京推进的方略，这说明文鸢还是懂得步步为营，懂得后勤补给的重要性的，作为一个军旅生涯达二十年，在西方留学五年的老军官，他不可能不知道这些军事常识，上次的冒进，只是人人都会犯得一个错误罢了。
尤其是他这种名望很高，改革派旗帜性的人物，就越是容易看高自己，看轻对手，日本的三县有朋有皇军之父的称号，一手打造了日本陆军，甲午战争的时候，他带兵的战绩，就比不上大山岩等人的战绩，也显得冒进轻敌，最后让日本大本营给招了回去。
文鸢一旦稳扎稳打，此时的日本陆军就真的找不到什么机会了，偶尔几次陆路伏击，打算以地形优势阻击明军，也在明军的装备优势下被击退，一直到长崎港区，也没遇到像样的挑战。
这时候决战才刚刚开始，日军已经在这集中了三万人，文鸢的做法让国内非常担忧，他没有按照之前的方略，从琉球将主力调往长崎，而是就用手里的三万大军，与日军展开了决战。
战前连朱敬伦都给他发了电报，让他慎之又慎，可他依然坚持认为，三万对三万，明军必胜。
朱敬伦最后支持了文鸢，因为他知道，一旦否决的话，军心士气的打击是巨大的，如果軍队失去了这种天下无敌的劲头，那倒是不用担心轻敌冒进的毛病了，可失去了斗志的軍队，如同没有了男儿血性的男人，一辈子都抬不起头。
文鸢打算用三万人攻打三万日本把守的要塞，这关乎他能不能雪耻，其实他比谁都更加的谨慎，大到行动方略，进兵计划，小到夜间的岗哨，他都要一一过问，而且不急于进攻，而是在周围包围了长达一个月后，爬上附近的山头将长崎港内的一草一木都观察清楚之后，才命令发起进攻。
这一仗一打就是两个月，双方都没退路，文鸢不但让各级军官都写下了血书，他自己更是带头表示，一旦此战失败，绝不苟活于世，从军官到士兵，管输下去一种死战的观念，每一战文鸢都亲临前线，虽不可能冲锋陷阵，但他坚持掌握第一手的战况。
日本人在港区外围构筑了大量要塞、壁垒和壕沟组成的防御体系，文鸢则选择重炮密集轰击，步兵推进的办法，付出上千人牺牲的代价才占有了五百多米宽度的一片防御阵地。
日军则发动反攻争夺，双方多次爆发白刃战。
每天都有死人，血流成河。
海军履行了承诺，战斗期间，不惜以敌人炮台多次对轰，成功封锁了长崎港，没有让日本的一兵一卒增援这里。
终于在第十五天，打退了日本多次进攻之后，文鸢的前锋部队推进到了日军炮台，用炸药炸掉了炮台，阻挡海军的屏障彻底消失了。陆军则攻入了长崎市区，除了外国人居住区，在整个长崎港区的角角落落都爆发了激战。
两个月之后，明军成功占领长崎，战损达到一万人，日军几乎全军覆没。长崎港区变成了一片焦土，八成的建筑被毁，日本大力营建的这个港口，毁于一旦，物质损失无法估量。
而明军终于打开了一个进入日本的门户，大量援军不断的派往长崎港，利用紧急修复后的港口设施不断的增强兵力、物资补给，准备一场更大规模的战争。
日本人意识到了，他们之前打的所有战争，都已经不够看了，新的现代战争将比以往所有的战争更加惨烈，破坏力更大。此时日本君臣突然感觉到，他们根本就没有做好一场现代战争的准备，兵力上完全不占优势不说，武器装备也跟不上消耗，国内建设的那几家小兵工厂连十万人的供应都无法维持，怎么跟大明持续战争呢？
英国更积极的进行调停，还跟美国、法国一起达成了一致，联合调停明日两国的战争。
美国不想看到俄国在日本扩大影响，法国需要英国保护他们不受德国侵犯，联合俄国的外交努力始终在共和国和君主国的意识差别下无法取得进展，反倒是德国利用俄土战争中的英俄矛盾，大大加强了跟沙皇的关系，给予俄国在远东修铁路的资金和技术，让俄国的扩张方向转向东方。所以法国有必要让俄国回到欧洲，继续正面面对德国本土。
在三国联合调停下，大明代表再次坐上了谈判桌，这一次他们更加咄咄逼人，而谈判的基础也变得更高，那就是日本无条件释放琉球国王，他们坐上了谈判桌，意味着琉球国王，已经被日本释放，回到了国内，回到了王宫。
现在谈判的就只剩下道歉和赔偿问题了，之前大明只索要了总计五千万的赔偿，但是这次由于拖延的时间更久，大明的动员范围更广，日本必须付出更大的代价了，大明提出的赔偿方案是白银两亿两，以大明的新货币为计算单位。