满清海关已经是最现代化的行政机构，大明兼并起来就这么困难，对于各地的地方政府的兼并，自然就更加困难了。
去年就已经完成了府县级别的官员任命，那时候光绪还没有退位呢，是在大明组建的警察部队的威慑下，在当地督抚的自愿或者不自愿的配合下完成的。
但这种地方官员的任免，只能达到不乱的效果，要将整个北国的行政机构，打造的跟大明一样，需要付出的代价和成本难以想象。
大明政府甚至为此大大降低了自身的行政效率，抽调了三分之二的行政官员到满清地方任职，大多数都是官升一级。而他们留下的空缺，许多都是新人接替，经验、能力不足，引起大明行政效率的降低，十分明显。
普遍教育底下的国民，普遍习惯了闲散管理的官员，对大明带来的新行政体系也有着本能的抗拒。不过光绪下达了禅让诏书之后，大明就不再需要维持当地政府机构的稳定了，个别官员的离职影响不了大局，相反还能腾出重要职位给更合适的人。
大明大刀阔斧的改革，一时间不是提高了行政效率，甚至一度让地方行政混乱起来，此时乡村自治很好的平衡了这些混乱，因为更多的问题通过乡下的宗族惯例解决了。针对这种情况，大明将本国境内的公局体系在北方推广，邀请各地的名流士绅组成了县级公局，从县级往下，有这些士绅辅助，大大方便了政府的管理。而造成的结果是，北国的乡村自治传统不但得到了保持，反而大大加强了。因为他们在混乱时期，承担了更大的义务，必然在之后保留了更大的权力。
合并第一年，大明完成了在北国的县级公局覆盖，组建了县级警察机构，法院机构，并开始推广县级教育机构。可以说县级往上的政治权力机构全部完成了覆盖，但效率大大的降低了。而且为了由于抽调大量的官员，造成大明道级行政机构名存实亡，大明政府决定，废除道级行政机构，将整个国家的行政机构划分为省、府和县三级，县以下是乡村社会，省以上是中央机构。大明过去的道台都调到各省去做省级官员去了。而满清的总督级别职务，暂时得以保留。
1897年开始，大明统一的重点工作，推进到了教育领域。
大规模复制大明已经摸索出来的行之有效的教育体系，但依然走了过去的旧路，自然科学的教师由大明委派，而传统知识的老师，则聘用大量的乡村读书人，给他们一个工作，也省的到处散布不满言论。
教育的改革是最复杂的，因为必须深入广大的乡村，大明当年用了二十年，才达到八成教育覆盖率，现在也才达到了九成，而朱敬伦出于尽快弥合南北差距考虑，要求三年内必须完成全覆盖，让北方入学率达到南方的水平。
北方经济领域的重建，也是重点之一，经济关乎民生，民生差距过大，是要造成民族分裂的，东西德合并之后，西德政府向西德境内的所有国民开征了一项叫做团结税的特别税，用来改善东德地区的交通和基础设施，推动东德地区的经济发展，就是担心民族分裂，所以才叫团结税。
现在北方改革和发展的成本，基本上只能由南方来承担，造成了美国战争之后，一直阔绰的大明财政，在第二年就开始出现赤字了。
这种财政成本显然大明不可能承担一年两年，对比东西德的差距，恐怕得承担一二十年，甚至更久，因为此时的南方经济跟北方经济的差别，甚至比后世的东西德差距更大。
毕竟东西德虽然工业发展体制不同，但至少都是工业国家，而现在的南方北方，一个是高速工业化的经济体，一个还是传承了几千年的自然经济体，对比之强烈，基本就是后世韩国和朝鲜的差距。
为了支持北方的发展，大明专门出台了两项长期经济政策。
第一，鼓励南方资本家去北方投资。
第二，推动北方商业资本尽快向现代工业资本转化。
这两项政策的最大受益群体，第一个是南方已经完成工业积累的工业巨头们，第二则是北方的晋商等实力雄厚的旧商业资本群体。