迁都是早就有的动议了，在统一提上日程的时候，朱敬伦就建议内阁考虑迁都事宜。
原因很简单，首都定在广州，距离人口中心太远，不利于对全国的掌控。
都城呼声较高的有四个地方，北亰、南京、开封（或洛阳），以及西安，经过几次讨论之后，河南和陕西都被排除在外，西安太过深入内陆，大家都认为当今时代，世界列国的都城无不在大江大河或者沿海地域，因为交通更为便利，更加方便调运物资，定都在这种地方，可以极大的降低管理成本。河南的开封或者洛阳，也有很多人支持，这里是古都，交通因为铁路的原因，也算是枢纽，可铁路运输毕竟成本要比水运高的多，维持一个都城的运转，运输费用是非常高昂的。所以河南地区也被排除在外。
就剩下北京和南京了，这两个选择僵持不下，而且因为当时面对有可能跟俄国爆发的战争，更多是支持北亰的，这不仅仅是一个天子守国门的名头问题，首都定在北亰，对于前线作战的物资调集会带来极大的便利。但也有人因此而反对，因为过于靠近前线，也意味着都城的不安全，都城失陷，那可不是小事，尤其是在国家刚刚一统，人心浮动的时候，都城失陷这种巨大的冲击，很可能造成整体板荡，尤其俄国人还带着帮满清复辟的幌子，是能够笼络住一大批人心的。
因此定都北京是有争议的，支持的人很支持，反对的人很反对。
至于南京，支持的人支持，反对的人反对，但都不激烈。
所以北亰、南京僵持不下，于是政府决定做两手准备，两个城市同时进行准备。
对北亰的宫殿和官衙进行修缮，增加现代设施，通电话、电报，南京同样如此，对相关机构进行了重新修缮和装修，之后对两地也重点进行了基础设施建设，铺设了硬质路面，规划了市内交通。
最终跟法国、俄国的和解，让内阁意见统一，综合考虑还是南京更为合适。
这才选择了南京作为都城。
南京作为都城的好处是，通过津浦路，往北可通达北京，往南绕道上海有两条铁路直通广州。水路上有长江大动脉，运输成本极为低廉。
政治上的考虑则是，虽则大陆协定签订之后，暂时跟法俄关系大大缓和，但长江流域的政治环境却十分复杂，德国进入这一区域，与英国开始极力竞争，大明迁都这里，会将大明的政治力量向这里倾斜，更能保护这一区域的利益。
于是在经过三年政治整合，中国大陆的政治形态基本完成统一之后，大明政府宣布，迁都南京。
国际上做了各种解读，基本上都认为中国的力量将向北转移，而重点将是长江流域，同时不少专家预测，统一的中国人即将要向英国的长江霸权发起挑战，两国极有可能在不远的将来爆发一场战争。