严复在上海的主要任务是解决北洋水师与南洋水师的问题，附带任务是尝试与江苏都督王有宏联络。
随着人民党进军浙江与广东，两地与工农革命军交手的北洋军全军覆没，两声北洋军呈现大崩溃的局面。铁杆北洋军纷纷逃往福建，反倒是在本地征集的北洋军还尝试守住城市。
严复原本并不太同意何汝杰提出的从海上运兵到福建的计划，他并不敢完全相信北洋水师的萨镇冰。海上运兵的确是好办法，但是这必须建立在能够保证航道的基础之上。工农革命军的海军别说与日本海军与英国海军相比，与现在的北洋水师与南洋水师相比，都是单方面挨打的局面。
一艘船上能运几千人，在没有海上掩护的情况下派遣陆军走海路，万一萨镇冰翻脸不肯投降，几发炮弹过去，这几千人就很可能全军覆没。工农革命军自建军到现在，纵横万里，打了这么多仗。前前后后战死的同志也不到五万。海上运兵一次损失五千人却是分分钟钟的事情。有这五千\ 人，工农革命军甚至能够从浙江与福建边界一路打进福建。以相信萨镇冰为基础的军事计划风险太大，严复自然不肯同意。
作为内应，萨镇冰的态度越来越积极。严复能够想到自己这位老同学，老战友的转变理由。除了浙江诸城市已经被占据之外，工农革命军已经在9月1日，苦战两日攻克了广东。活捉了包括张人骏在内的大批广东头面人物。
整个中国能够容纳北洋舰队与南洋舰队能够前往的非人民党控制的港口，只剩上海与福建几个小港口。萨镇冰原来还说些云天雾地的咸淡话，现在他已经只讨论人民党给与北洋与南洋水师的待遇如何落实。
严复也明确表示了人民党的态度，工农革命军一定要活捉东南督军冯国璋。绝对不允许冯国璋逃出国去。为此，萨镇冰专门派遣何汝杰前来与严复交涉此事。
何汝杰提出了萨镇冰的问题，“为何人民党能够放过孙中山，却不能放过冯国璋？难道是因为孙中山也是革命党么？”
“这与孙中山什么出身没有关系。”严复果断的答道，“孙中山到现在的所作所为都是个人行为。他投靠人日本人也好，自立政府也好。在这个时代里面，孙中山和他的追随者们都是随波逐流的自己选择。他们或许许下过很多诺言，欠了不少人的钱，但是那顶多是个民事纠纷。而且就我们所知，孙中山当时许下封官的诺言，那些人是自己肯掏钱。可是冯国璋不同，他参与到412行动中，欠下了无数血债。冯国璋没有亲自杀人，但是他指示很多人屠杀群众。这就是我们能够不搭理孙中山，但是绝对不能放过冯国璋的原因。”
何汝杰见严复的态度如此坚定，思索了片刻之后，何汝杰终于说了萨镇冰真正担心的事情，“严先生，这次412里面，水师因为冯督军的命令，也干了些事情。如果有人要穷追这件事，水师也不可能完全托了干系。却不知道严先生准备怎么对待水师官兵呢？”
“你们亲自参与屠杀群众了？”严复问道。
“那当然没有，不过我们参与运兵的事情是有的。”何汝杰正色答道，北洋与南洋水师都是师承英国，海军还算是遵循“戴白手套”的骑士作风。因为与陆军在军饷待遇，操作武器价格，这些几乎有天壤之别的具体问题，海军与陆军素来格格不入。海军在海上四处漂泊，经常上舰之后就几个月下不了，也没空参与陆军那些破事。冯国璋指挥的大屠杀和南洋水师海军并无关系。更不用说412大屠杀的时候，北洋水师整个舰队还留在天津那边。
不过萨镇冰与何汝杰都不是小孩子，所谓欲加之罪何患无辞，更别说人民党消灭北洋的态度如此坚定。此时因为工农革命军没有海军，不得不对北洋与南洋水师客气一些，等到接管了军舰后，工农革命军翻脸不认人的可能性并非没有。那时候随便找个理由就能收拾掉海军这些人。
严复当然能够理解北洋南洋水师的担心，眼下的局面发展趋势，工农革命军只靠陆军也能干掉冯国璋。水师根本不可能挽救冯国璋的命运，萨镇冰与何汝杰都没有投靠外国人的打算，那么水师也只能考虑投降后自身安全的问题。所以严复耐心的说道：“汝杰，我反复说过人民党的态度，你若是不信的话我也没有任何办法。我能保证的是，只要水师没有参与亲自屠杀，只是参与运兵行动。那么我们不会追究水师这个责任。若是把水师听从冯国璋的军事调遣当成水师的大罪，汝杰你不觉得这么做很可笑么？”
何汝杰当然能看得出严复内心的不耐烦，其实这么絮絮叨叨的说这么多，何汝杰自己也烦了。不过很多问题不是萨镇冰一个人提出的，北洋与南洋水师的高层已经开过会，在会上达成投奔人民党的原则性共识，不过每个人都有自己的担忧，何汝杰作为中间人，不得不把所有问题都给问一遍。听了严复的好多回答可以说是滴水不漏，何汝杰心里面对严复这个六十多岁的老头子也是颇为钦佩的，年轻人也未必能够拿出这等精力回答这么多问题，何汝杰终于开始询问自己的疑惑了，“严先生，就我个人只想问一个问题。人民党为什么不选择对我们秋后算账？”
“汝杰，我们人民党的作风是实事求是。北洋水师与南洋水师的官兵们，有投身水师来报国的，有跟我一样因为家里面穷，只能去上不要钱的南洋水师学堂。最后干了水师这一行的。想来这里面没有因为想与我们人民党为敌，这才加入水师的人吧？”