12月13日上午，在中国守军撤离时，日军从中山门、中华门、汉中门、水西门、集庆门、光华门、太平门、中央门等几个城门，如狂涛般拥进了南京城。开始了近代史上最为残酷的大屠杀。无辜的居民成了他们射击的活靶子；无辜的妇女成了这些野兽们的猎物;商店、民宅被洗劫一空；繁华的街道被他们用大火烧成灰烬。
一名叫外贺关次的日本兵，他这天记下了那个不堪目睹的场面。日记中写道:
三十三联队的一个大队转入进攻，一边bī近手举白旗的敌人，一边继续进行射击。途中，遇到二三十名败残兵卒，便枪杀或刺杀了他们。在南京南门车站，工兵队的胆大妄为者刺杀或绑在十字架上刺杀中国兵70名左右。城外，还有许多躺在敌人的尸体堆里，发出痛苦的呻吟声，最后通过我们的手，送他们上西天者，不计其数。
幸存者刘永兴回忆当年那场不堪入目的惨景时说:“我们是老南京了，住了好几代了，日本人进南京那年，我24岁，我是做裁缝的，那时住在城南张家衙。家有父母、弟弟和结婚不到半年的老婆。我们五个人都躲到大方巷的华侨招待所里面。
那天下午，一个鬼子到我们住的门口，他朝我招招手:‘出来，出来！’我走过去了，他要我弟弟也一起跟他走。
走到对面一个大广场上，已经有不少人坐在地上了。过了一会儿，翻译官说:‘做苦力去，都到下关码头搬东西去！’
有的不去，当场一枪。排好队就走，前头是穿黑制服的国民党警察开路，后头是日本人的马队压阵。路上死人很多，碰到人就抓，都带走。哪个跑，就开枪。
挹江门边上国民党的官兵好多被日本兵抓了，用铁丝穿大腿，一串一串的，都穿着军装。
到了下关码头天黑了。抓来的人很多，20个一串捆着，捆好就用枪扫。我在前面，连忙跟着别人跳江。这时，子弹的响声把耳朵都要震聋。打破头的、打断手的，一片哭叫声！
我身子全在泥水里，只有头露在上面。子弹从我的肩上穿过，棉袍子里的棉花都打出来了。机枪扫过后，日本兵又用刺刀一个一个地捅。没有打死的哇哇地叫。我在江水