至于最后的忍者大学，那就不得了了，沐森将它的目标设定的是培养精英上忍以及影级强者，只有实力达到精英上忍的水平，才算是真正从大学毕业，不过想要进入忍者大学，那条条件就十分严苛了，除非是高中毕业时各项评分都十分高的，又或者是天赋十分好的，否则根本没有机会进入忍者大学。
改革之后的木叶教育体系，沐森还给它安排了一位重量级的负责人，他便是三代火影猿飞日斩，虽然他被沐森推下了火影的位置，但是猿飞日斩毕竟有着‘忍术教授’之称，由他来负责培养木叶的未来最合适不过了，他本来对此自然也没什么意见。
除了教育体系改革外，沐森还成立了研究部，负责人自然是大蛇丸，负责各种忍术、禁术以及忍具的开发，而且沐森还特批大蛇丸可以进行活体研究，当然所用的大多是一些动物、通灵兽，如果是忍者的话，也只能使用他国忍者或者是山贼、罪犯进行实验，当然这一切都是隐秘进行的，知道的人也只有木叶高层而已。
对于活体研究，沐森倒是不在意，反正被研究的也不是火之国的人，那些被抓的忍者大多是窥探火之国的他国暗部以及在火之国为非作歹之人，正好可以用来实验，也算是物尽其用了，至于大蛇丸是不是敢背地里搞鬼，沐森也并不在意，在绝对的实力面前，一切阴谋诡计都是白费的。
除了这两样改革之外，沐森还建立了参谋部，负责替他这个火影处理日常事务，整理后给他审阅一下就行了，这样他也能从日常的繁琐中解脱出来，参谋部里的人大多都是木叶豪门的人，这样一来，沐森既给了他们权利以示拉拢，也让他们相护牵制，一举两得。
当然，这样的大改革自然也让木叶豪门有所不满，毕竟按照沐森的改革来，随着平民忍者越来越多，实力越来越强，那么木叶豪门便也失去了优势，毕竟所有的木叶豪门加起来也就那么点人，如何能与多如繁星的平民相比呢。
为了安抚木叶豪门的情绪，沐森还是给了他们一点特权的，那便是在进入忍者大学的名额上，既然论数量，木叶豪门没有优势，那么便从高端战力上弥补，木叶豪门的人天赋都不差，又有血继限界或是秘术，再加上在忍者大学进行深造，培养出精英上忍完全不是问题，如果能够培养出影级战力，那就更不得了了。
而目前为止，忍者大学的老师并不多，因为想要成为忍者大学的老师，有一个最严苛的条件，那便是你自身的实力达到影级的地步，木叶忍者大学的老师也只有几位，猿飞日斩、自来也、大蛇丸、纲手、朔茂、戴以及沐森这位四代火影。
前几个都是已经达到了影级实力的，至于戴，他本身的实力只能算是上忍，但因为八门遁甲这个特殊的存在，沐森才会将他列入大学老师的行列，至于沐森，他自然是不可能亲自去授课的，他所用的也不过是木分身而已，不仅能免去自己的麻烦，而且木分身一次能够出动很多，一举两得。
而为了支持新建部门的发展，那也是需要一笔很大的财政支持，为此沐森还特意建立了财政部，为的就是发展木叶的经济，以支持木叶的开销，为此他还特意将前世一些有用的经济发展计划给搬了过来，毕竟火影世界也算是一个半科技的世界，一些套路还是管用的。