在玄甲军猛烈的炮火声中，山阴、会稽二县不到三日就已陷落。
一万玄甲军、两千锦衣卫分别入驻二县，在短暂的安民之后，锦衣卫开始彻查与郑兵、倭兵勾结的官绅、富商。
两千锦衣卫在绍兴府彻查了整整两个月，绍兴知府、同知、佥事以上的官吏尽数落网，无一幸免；山阴、会稽二县的县令、主簿、县丞、县尉、书吏共三十三人，也抓了二十九人。
整个绍兴府官场几乎被方原彻底的清洗一空，空缺的官位，直接由这两年江南大学堂毕业，正等待分配的青年才俊，还有科举考试中了功名却还在候补等候官位安排的进士、举人直接进驻绍兴府衙门，还有山阴、会稽二县，接管当地政务。
至于绍兴府的乡绅、富商牵连案子里的是不计其数，锦衣卫这次是得了方原的密令，宁可错杀十人，不能放过一个。锦衣卫是挖地三尺的搜查，寻访了绍兴府的百姓、民夫近十万人，只要在坊间传闻有向郑兵、倭寇捐钱粮的，无论真假，立刻逮捕。两个月内，一共抓获主犯五百三十六人，连同家眷至少上万人。
方原当然知道这么血腥的清洗，必然有很多冤枉的乡绅、富商，但能被百姓血泪指控的，毫无疑问是在当地名声不好的，既然平日里都是对百姓敲髓吸血、为富不仁，这次的大清洗被误伤，也算是天网恢恢疏而不漏了吧！
方原这两个月来一直留在绍兴府衙，事无巨细，亲自审实了诸人的罪行。但凡与倭寇勾结的，主犯本人拖到绍兴府的母亲河曹娥江边斩首示众，家眷无论男女老幼，全扔去了福建，自生自灭。
给郑兵、倭寇捐了钱、粮的，无论主动、被迫，按照捐钱粮的数量，捐一罚百，不足部分由土地、房产折价补足。补足了还不够罚的，青壮直接扔去舟山海军基地当苦役，女人就派去给玄甲军士配对。
两个月来，曹娥江下游随时都能见到被处决后，漂浮的尸体。
郑森也曾得到绍兴府官绅、富商的求救书，但郑森麾下的郑兵也只有两万，士气低落，既要守住杭州府的三卫，还要应付驻扎在湖州府玄甲铁骑的威慑，本就在苦苦支撑，哪里还敢分兵去救援绍兴府？只能推脱有疾在身，对求救之人是闭门不见。
绍兴府的官绅、富商没了外援，也曾想过自救，组织起了一些小规模的反抗。但玄甲军目的相当明确，一切与民秋毫无犯，只捉拿官绅、富商。乡间无论是自耕农，还是租种的佃户是事不关己，面对玄甲军的兵锋都是避之唯恐不及，哪里会去给官绅、富商卖命。
再兼玄甲军火器精良，更有威力巨大的火炮，无论各乡建的用于护卫的堡坞，还是躲去山腰险要地形的老宅，全被玄甲军轻松的逐一攻克，将主犯捉拿归案。
整个绍兴城里的百姓见锦衣卫杀气腾腾的开始全城搜捕抓人，吓得是三魂丢了七魄，还担心方原会不会在绍兴府搞个绍兴几日，山阴几屠什么的大屠杀。
再加上之前的官绅、富商大肆的妖魔化方原和玄甲军，传闻女人只要落进了玄甲军手中，每夜都要遭到二十人的轮流蹂躏。
大户人家的女眷早就送去了乡下躲避，小户人家的年轻女人则几乎都躲在柴房、密室隔间里，以灶灰抹脸，生怕被来来往往的玄甲军、锦衣卫捉了去凌辱。
一连两个月，偌大的绍兴城，大街上是人烟罕有，之前繁荣的商业区，店铺全都大门紧闭，不敢开门营业。只有家中没余粮，断炊了的百姓，才勉强出门去官府门口领取方原派人专门发放的救济粮。
锦衣卫在绍兴府掀起的恐怖的腥风血雨，成果也是斐然。
锦衣卫一共抄没了土地一百一十万亩，占了绍兴府耕地总面积的近二分之一。不到一千的乡绅、富商，就拥有绍兴府近半的土地，可见绍兴府土地兼并的严重。
抄没了银子三百五十七万两，粮食一百二十万石，房产一千两百间，其余的珍贵古籍、古玩珍宝是不计其数。
方原对这些抄没的战利，进行了分类的分配。
一百一十万亩土地，其中十万亩用于玄甲军、锦衣卫的奖励，十万亩归入方原名下的私田，其余的九十万全部用作官府的官田，目前暂时交由新成立的内阁打理，之后方原会成立专门的官府粮库司，进行官粮的专门管理。
抄没的三百五十七万两银子，一百二十万石粮食，因锦衣卫在绍兴府绍扰民了一，两个月，方原决定开始对百姓进行赈济补偿。
绍兴府乃是浙江的人口大省，据绍兴府官府的官册统计在案的百姓有九十万户，四、五百万人口。