三日后，马士英的明军全部撤出了采石矶，沿江北上到了凤阳府，与黄得功的三万明军，朱以海的两万亲兵汇合。
一时间，凤阳府聚集的明军数量达到了近八万，已有与金声桓、李国英一战的实力。
双方在凤阳府寿州一带对峙，僵持不下。
方原一面关注着江北战场的战况，一面而令舟山基地的施琅派出五十艘战舰进驻采石矶，再从太湖基地派出五千步战营军士驻守采石矶，扼守通往南京城的门户。
采石矶落入了方原掌中，南京城对外的联系彻底断绝，已彻底成为方原的囊中之物，取或是不取，全在方原的一念之间而已。
方原并未派军占领南京城，而是将南京城的卫所jūn_duì 编制尽数解散。精壮的一千军士编进了玄甲军步战营，只留下两千勉强能成为jūn_rén 的羸弱之兵留守在南京的卫所。
方原率军回了苏州城，与此同时，将南京城十万百姓的万言书，连同他和坤兴公主控诉马士英罪行的奏折，一同发去了朝廷。而且还在奏折中表明了态度，南京总督之位虚位以待，要求朝廷再行派驻南京城的太监守备，还有主政的南京总督。
朝廷接到方原传来的奏折，周皇后、太子是既惊又气，但也是左右为难。
严词申斥方原吧！方原的奏折里是有理有据，更附带南京城的士绅、富商、百姓的万言书作为依据。这些人愿意献万言书，无论万言书是真是假，也是表明了一个最基本的态度，就是他们全站在了方原一方。若朝廷再行降罪方原，那就是逆南京城民心而行，除了将朝廷放在火上烤，全无用处。
何况方原之前还再次派出水师去偷袭了辽东，逼退了满清的讹诈，策应了孙传庭在山东的大胜，若转眼又翻脸去斥责方原不臣之心，那也太过喜怒无常。
若是认同方原此次攻占南京城的行径吧！
本来朝廷派出马士英这个主战派替换史可法这个温和派，就是想抛出南京这个诱饵，令方原、左良玉两虎竞食。无论任何一方占了南京城，都必须承受巨大的政治压力，朝廷再从中拉偏架，加强对方原、左良玉这两个江南大军阀的掌控。
哪知道马士英这个主战派一到南京城，只坚持了不到两个月，就丢了南京城，甚至马士英本人还逃去了凤阳府。这么一个人事调任，非但没有令方原、左良玉互咬，反而被方原抓住把柄，不仅攻占了南京城，还戴上一个吊民伐罪的光环，简直就是得不偿失。早知道就继续留下史可法在南京城，还能扣着忠明的大义和方原打一打嘴炮。
更可气的是，方原得了便宜还卖乖，上奏折来要求朝廷严惩马士英，并要求再行派驻主政的南京城总督和守备太监。
南京城虽名义上还在北京朝廷的控制下，但实际已是方原的囊中之物。方原虽将应天府总督，太监守备之职虚位以待，但无论朝廷派驻谁前去南京城，也不过是落进了方原的陷阱里，既不可能有实权，更是惹人笑柄。
方原此举就是在打朝廷的脸！
周皇后、太子与内阁商议之后，决定暂时搁置方原的这份奏折。既不严惩马士英，也不派出主政的南京总督，就这么继续和方原耗着。
过了两个月，方原另一纸奏折突然再次送到了京城。