一个月间，方原的玄甲军驻扎在鸡笼城，既不劫掠也不扰民，粮食也是一船一船从泉州港运输而来。
玄甲军的军纪比之前的西班牙人，尼德兰人要好上百倍，之前本还是惊慌躲避的城中商人，百姓，还有原住民经过半个月的了解，也渐渐的放了心，愿意与方原做买卖交易。
方原拿出的是真金白银，买卖本地人的粮食以解决军需的不足。因能在本地得到补充，头疼的军粮问题是逐渐缓解。
冯廷在鸡笼城里一共搜出了八万两没来得及运走的银子，火药、铅弹等军需物资不计其数。之前尼德兰人撤走前，先搬走的是值钱的金银，各类兽皮，将搬不走的火药、铅弹全留在了鸡笼城。
这是正中方原的下怀，令冯廷去试验一下这些火药、铅弹，大部分还是能用，这下就解决了玄甲军的军备物资的问题。
郑森曾派使者从海路北上前来接管淡水、鸡笼二城，也向位于西北沿海的淡水城开出了投降条件，就是责令尼德兰人无条件离开，交出淡水城。
恰逢方原的使者也到了淡水城，开出的投降条件和鸡笼城的一样，每人领五十两银子，然后送回泉州港。
淡水城的尼德兰驻扎权衡了双方的条件，投降了郑森是双手空空，而投降方原有银子拿。这些军士又不是傻子，当然知道取舍，直接将郑家派来的使者押送到方原的军营，向方原投了降。
郑森得到这个军情，本想趁着方原立足不稳，派刘国轩的澎湖水师北上，切断方原的后援路线。但澎湖方向却传来紧急军情，施琅的庞大舰队已抵达金门港口，放弃了金门岛不打，准备直接攻打澎湖岛。
施琅的水师大军压境刘国轩的澎湖水师被压制得动弹不得，哪里还敢北上去和方原的舰队决战？
郑森摸不清方原在台北的舰队数量，还以为方原这一路乃是虚应故事，孤注一掷的派出仅存留守台湾本岛的五十艘战舰北上攻打淡水、鸡笼二港的港口，企图切断方原的海上补给线，彻底将方原登陆的军士困死在岛上。
郑军五十艘战舰组成的舰队立刻北上，在攻打淡水城时，施福率领驻扎在鸡笼城的水师从侧翼袭击了这支水师舰队。双方舰队的吨位根本不在一个数量级上，郑军水师一战而溃，被击沉了三十八艘。仅存的十艘战舰吓得扭头就逃，回台湾城去向郑森汇报。
郑森得到水师战败的消息，一听方原登陆台北的水师至少有一，两百艘之多，而且还没有那支可怕的火炮母舰编队，不由得深吸口冷气。他这才深深的意识到，玄甲军水师的强大，足以南北两线开战，而郑军眼下的水师单是应付一线已是捉衿见肘。
这种国力上的悬殊，令他生出些些的畏惧之心，或许被困死在岛上的，不是方原，而正是他这支残余的郑军。
郑森不愧是一代枭雄，在经过短暂的震慑之后，立刻将恐惧抛在脑后，作出了本岛防御的战略部署。
单凭郑军是无论如何也不可能击退方原登陆的玄甲军南下的，唯一求生的法子，就是发动岛上的原住民并肩作战，共同抵御方原入侵。
郑森召来了台南已表示归顺，在台中、台东势力最强大的阿美、排湾二族首领，在台湾城举行了军事会议。
他先是利用原住民对外来势力的一无所知，连恐吓带吓唬的向二族首领告知一支比佛朗机红毛更可怕的侵略者已在台北登陆。这支侵略者会杀尽所有岛上的原住民，将汉人迁来本岛。