不到半个月的时间，锦衣卫、玄甲军就将南直隶诸府的骚乱彻底平定，还一共逮捕了三千五百六十人归案。
这些参与骚乱之人，只要锦衣卫严加审问，就能找出背后指使的元凶。但因这些文人人数太多，又口齿伶俐，若要锦衣卫逐一审问，劳神费力，也浪费人力物力。而且锦衣卫也不一定能说得过这些肚子里有些墨水的文人。
方原采用了一种简单粗暴的法子，直接找来锦衣卫百户徐诚，给了他一个立功的机会，令他带着一百个锦衣卫逐一核查两份名单。
一份是锦衣卫事先保管的那份五千人的大名单，一份是锦衣卫逮捕的骚乱之人。
若在两份名单上都有名字的，毫无疑问是罪有应得。便可以立刻定罪，而且因是累犯，可以从严惩处。若依律审查太过麻烦，几千人还不知要审到猴年马月，直接流放去琼州府了事。
若没有在五千人大名单里的文人，暂时按照初犯，受人蛊惑处治，押送回各州府衙门，按律审判后，上报总督府。
至于那些招募来当靶子的地痞，从外形上就能一眼看出与读书人形象不同。甄别这些地痞是不是无可救药，方原也没有再派锦衣卫去坊间乡里逐一核实、审问，而是用了一个简单解决的法子。
最了解此人是否不可救药的，只有他最亲近的人。
方原下令对外公布，这些被抓捕的地痞，若有家人原意来交赎金的，交五两银子，杖责三十，就可以放走。这一类人，至少家人还愿意花钱来令他改过自新，便没到不可救药的地步。从严惩处了此人，就是害得一家人都没了生计，对官府的仇恨，不利于维护社会的稳定。
若没有家属愿意来交赎金的，可见平日里所作所为就是连亲人都遗弃，处治这种人渣，就可以随心所欲了，反正也不会有什么后果。方原便分批次的将这一类地痞发配到太湖军事基地，还有舟山海军基地去当苦力，也算是为民除害。
在惩处了文人、地痞后，剩下的就是那些背后指使的乡绅、富商。那些地痞、文人一进诏狱，就将这帮人全招了出来。有三十六人，全是在南直隶诸府沾亲带故的。
锦衣卫的名单一出来，以方原以往的作风，估计又是直接砍人、抄没家财的结局。这些乡绅、富商的家人、族人纷纷发动关系，诸府的官吏、富商前去内阁求情的就踩断了门槛。内阁三人是左右为难，一边是平日里经常打交道的熟人，一边是手段强硬的方原，夹在中间相当的难堪。
三人稍作商议，还是由富商的代表席本桢前来找方原求情。
方原自知这次重大的改革确实触及了江南某些乡绅、富商的根本利益，他们起来闹事也在预料之中。而且这次聚众闹事的规模远没有方原想象的大场面，他令景杰暗中集结，准备大规模在南直隶镇压的三万玄甲军，只派出了一万人便轻松的平定了骚乱。
被损害了利益的这些乡绅、富商理论上来讲，也算不上罪大恶极。再说这次风波处决、流放的人太多，整个南直隶已是人心惶惶。若再对这些乡绅、富商进行大清洗，方原这么多年在南直隶维护的形象会进一步坍塌。
方原打心眼里也没想从严惩处这些人，既然席本桢来求情了，也就卖了他一个面子，令这些乡绅、富商总共缴纳五万亩良田的赎金，就可以释放。既然他们占了田产又不想缴田赋，那就交出一些来，给愿意缴田赋的人去耕种。
至于他们谁是主谋，谁是从犯，谁该多缴良田，谁该少缴，那是他们私下自己去商议的事儿。