京城、皇宫的形势总算稳定了，方原又向通州的史可法送去了劝降书，告知崇祯皇帝已平安的回了宫，他若再行顽抗，那就不是守节的忠臣，而是谋逆的乱臣贼子。
史可法见崇祯竟安然无恙，还与方原站在了一条战线，还能有什么话说？只能解除了通州的兵马，向玄甲军投降。
玄甲军将史可法、黄道周二人押到了皇极殿，听凭方原发落。
方原也不想和这两个忠臣计较，便释放了二人，并告知二人，愿意做官的话，可以留在京城做官。以二人的身份，可以在司法总督府，或是六部尚书、九卿里谋一个职位。
但二人的态度出奇的一致，不知方原的手段和深浅，暂时不愿做官，只留在京城观望。
当然，与史可法、黄道周二人一同在京城赋闲的，还有大明朝堂的所有官员，因内阁、六部等官僚机构还没有开始正常运转。
眼下的京城，还是战时管制状态。
方原赦免了京畿之内一年的税赋，用于收买人心，恢复民生。暂时也没必要启动官僚机构，至少在官僚机构恢复运行之前，必须解决两大问题。
其一，是招降周遇吉，郑森二将。据可靠情报，太子朱慈烺前去蓟镇投靠了周遇吉。而周遇吉则率军离开了京畿，返回了山西，并未向方原投降，而是拥立朱慈烺在山西继续抵抗。
对这支晋军，是战是降，还是未知之数，方原还是决定先摸清周遇吉的想法，再行定夺。
他令赤古台率两万玄甲铁骑入居庸关，昌平一线，护卫京畿的安全。又令摄政王，公主的名义，分别致书周遇吉，朱慈烺二人，阐明天下大势已定，山西区区一隅之地，不过是困兽之斗。只要周遇吉、朱慈烺二人举山西投降，周遇吉继续担任山西总督一职。而朱慈烺只要回京来投降，便免他一死，封去闽广当一个逍遥王爷。
而郑森也在方原攻占京城的同时，也将天津卫洗劫一空后，率水师离开了天津卫，驶进了茫茫大海，不知去向。
方原担心的是，郑森会北上投降满清，继续和方原顽抗到底。满清若是有了水师之利，便是如虎添翼，乃是真正的心腹之患。或是南下去骚扰沿海，江南的富庶之地，本已天平，岂能容郑森一再骚扰？
方原严令令施琅率水师追击，不能给郑森北上、南下的机会，必须立刻予以歼灭。施琅先是派轻巧的快船追出了天津卫，追了三日才发现郑森的舰队踪影。却发现郑森逃亡的方向并不是北上、南下，而是东进。
快船一路尾随郑军的舰队，绕过辽东半岛，直到过了朝鲜国的海域，仍是没有任何北上的迹象，而是继续往东。再往东就是茫茫的大海，快船没有再行追击，只能返回天津卫向施琅汇报实情。
施琅一时摸不清郑森舰队的去向，只能去向方原汇报，方原一听郑森舰队的行军路线便心知肚明，郑森是去投靠他出生之地的日本国了。日本国如今正在内战，郑森这股强大水师势力的加入，必将影响日本内战的进展。但方原眼下的目标还不是日本国，而是满清。只要郑森不投降满清，那就由得郑森去了。