雄镇北门和岐后汛炮台，牢牢的锁住了港口，两汛驻扎的士兵有三四百人之多，跟科林兵力相当。
但清军的腐朽不止是陆军，水师同样腐朽，甚至尤甚。历史上十年之后海上巨寇蔡牵就从海上攻陷了这里，还一路杀到了凤山县城。而现在科林是从他的腹背进攻，设计来防御海上威胁的海防要塞完全没有发挥作用，只用了一天时间就被科林攻下，不过这次终于有了死伤，依然带头冲锋的雇佣兵有十人被打死，华人士兵也伤亡了十余人。
造成这种结局的原因，并不是水师的战斗力就强于绿营，更多是因为海防汛地被陆地后方进攻，往往意味着守军陷于死地，因此做了困兽之斗，不像绿营陆军，有逃跑的可能。另外就是，华人士兵的指挥问题依然没有解决，出现了执行作战命令混乱，战斗意志也很有问题，冲锋的时候拖拖拉拉，队形混乱。
但到底还是打下来了，打下打鼓港之后，这里就成了目前中国（东印度）公司最有价值的资产，天然深水良港，加上科林发现自己手下并不是那么可靠之后，请求周琅派更多的人来驻守。
周琅一直留在凤弹汛，接到消息后，整顿軍队开始撤离这里。不撤离也不行了，由于长时间驻扎在凤山县城城外，已经导致跟城里的陈周全天地会势力出现了冲突。要不是凤弹汛的地形较为坚固，周琅到来给陈周全解了围，双方也约定结盟，加上台湾府清军的压力，没准陈周全早就来打凤弹汛了。他已经多次派陈光辉来催促周琅，要周琅将軍队调到沿海。对方的口气一次比一次生硬，周琅再不行动，双方关系破裂就是迟早的事情。
所以周琅招够了人马，立刻就开始行动。
对此，凤山县的陈周全非常满意，还派人送来了两千担粮食作为路上的军粮，但等周琅将三百人派去打鼓汛，三百人调回左营驻守，只剩下不到五百人的时候，陈周全却派人来联系，希望周琅不要走了。
本来周琅在凤弹汛招兵买马，一直都让陈周全十分顾忌，因此已经让陈光辉多次交涉，希望周琅尽快去攻打沿海地区，突然又请求周琅不要走，自然是因为发生了变故。
清军的援军到了！
清军马步军共计三千，从台湾府城而来。
陈周全起先并没有当回事，因为他最近势力膨胀的比周琅还恐怖，他是正印的天地会首领，在凤山县起事之后，就像当年林爽文起义一样，天地会会众争先响应，攻占凤山县城之后，不到十天时间，他就招募了五千兵马。
然后陈周全开始发兵四野，到处攻城略地，凤山县清军各处汛地望风而逃，一时间整个凤山县几乎被陈周全掌控，周边地区的天地会势力纷纷前来投靠，甚至北边的台湾府都有天地会成员来投靠，但也因为北边就是台湾府，导致跟嘉义县、彰化县等地的天地会无法联系起来，否则陈周全的势力发展恐怕会更大，就这样手下兵马也达到了一万多人。
所以陈周全意气风发，当得知清军援军到来后，他并没有担心，而是让手下大将黄朝带五千人马前去阻拦，结果在兰坡岭、石井汛先后被击败。
陈周全增派援军五千，让陈光辉带领，以总兵力八千跟清军在小店仔汛决战。可这次八千天地会起义军竟然再次败于三千清军之手。
小店仔是一处舖舍的名字，说文解字中，“舖”字的部首为“舌”部，因此这个字是有传递信息的意思的，舖舍合在一起就是传递信息的建筑，事实上舖舍就是所谓的驿站。但跟驿站不同的是，不负责有接待职能，单纯用来传递消息，而且还是军事消息。按照规制，十里为舖，舖兵五人。凤山县因为多是山地，所以没有安置目兵，而是雇佣当地番人，不给他们提供工食，只给一些火炬银。
像小店仔这样的铺设，从凤山县一路到台湾府，一共有六个。最靠近县城的叫做县前舖，之后是观音山舖，紧接着就是小店仔舖，因此清军抵达小店仔舖，意味着清军距离县城已经不远。
并且由于这些舖舍都是建立在官道上的机构，这也意味着通往县城的道路基本被打通了。
陈周全残余兵力依然超过一万，可是他的心态已经完全被打崩了，这才请周琅留下助他退敌。
周琅也终于感到事态严重，没想到清军竟然这么能打，让他一时摸不准府城精锐标兵的底细。
连忙派人去打鼓汛通知科林，要他带兵回来准备决战，说到底科林手下那三百多华洋混杂的，装备赫贝斯步枪的士兵，才是真正有战斗力的軍队。