清政府在澎湖设立了不少机构，民政有澎湖厅，军政有水师协。
这里主要还是一个军事地区，赋税是整个满清最低的，就连官府都用奇穷称呼，因为海岛土壤实在贫瘠，靠天吃饭，主要营生依然得靠打渔。
人口也不多，乾隆三十二年统计，共人户二千八百零二户，男女共二万五千八百四十三丁口。其中东西澳、妈宫市为户共四百七十有奇，男女四千六百有奇；西屿、林投次之；而吉贝仅六十四户。
官府征税“通共年征正额、溢额、首报、新收地种、船、网、缯、沪等银六百零九两五钱二分七厘”，而支出“是地设官、设营，每岁赔累以三、四万计。”
这样一块地方，如果不是战略位置重要，清政府都懒得要。
清朝文人评价说，“凡台湾有事、内地舟师东征，皆恃澎湖为进战退守之地，所关于沿海大局者，正匪浅矣。”
这也是为什么陈周全要朱濆攻打澎湖的原因，也正是周琅之所以答应帮忙的原因。
澎湖是台湾的咽喉，自古以来，只要不打下澎湖，就打不下台湾，当年施琅也是先打下澎湖，后才敢打台湾，之前满清八旗军官直接攻台，结果惨败而归，水师全军覆没。
因此只要朱濆占了澎湖，那么清军要对台湾动手，海路必攻澎湖，陆路则会重点打击陈周全，周琅在台湾南部发展，清军就鞭长莫及了。
这才是周琅答应帮忙的主要原因，至于结盟和要木材，那只是添头。
俩人谈好之后，周琅立刻下令筹备出征事宜。
邱通、林发之、张表三个海盗小头目也终于有事可做了，他们在军营中苦训，已经训的不想做人了。
海盗懒散惯了，却要接受菲舍尔派遣的夷人军官的严格训练，能习惯才怪。唯有摸着口袋里的银元，他们才能稍微平衡一下心情。
他们跟步兵训练不一样，没有要求他们联系火枪，就是一个劲的联系步伐和军姿，就是磨他们的性子，培养他们的纪律性，一转眼就训练了两个月。
但他们还不能独立作战，他们的船周琅看不上，新造的船还没有打造好，他们是去战场上观摩的，让他们学习洋人是怎么进行海战的，观摩完了，回来还得训练。
周琅手下六艘武装商船，周琅全都派了出去，因为朱濆打澎湖不下，主要原因就是火力上无法压制澎湖清军炮台，周琅当然要集中火力，每一艘船都是宝贵的火力。
朱濆的前期工作做的不错，他在攻打澎湖之前，就联系上了几艘澎湖当地的渔船，不然他也不敢贸然进攻水道错综复杂的澎湖。
澎湖是一个岛群，有六十多座岛屿，清朝人评价说，澎湖本岛（妈公岛）位于中央，周边各岛星罗棋布，远近错列，形成纡回的港道，礁汕隐伏水中，非熟悉夷险者不敢轻进。妈宫港居中控制，港内波平如镜，可容千艘舰船。自西拱峙者，以西屿为外捍、金**为右臂；由东南环卫者，以风柜尾（亦名蛇头）为左卫、大小案山为下臂，锁住港门，中有四角仔小屿，为港门罗星，塞住水口；其西由西屿稍北为吼门，波涛湍激两旁，其大列、小列二屿，夹峙左右。昔刘国轩为施侯所败，乘小舟由此遁去。吼门水浅，其时盖涨三尺云。他如丁字门在西屿之西北，孤悬外海，控扼大洋；师公礁附近吼门有石潜伏水底，舟不敢犯。
中国人跟西方人的航海模式不一样，西方人发展的更加系统，依靠海图和仪器进行航海，此时的中国人大多还是要凭经验。没有人引船，朱濆是不可能攻下澎湖的。别说攻下了，能不能进入澎湖水道都说不好，就算进去了，能不能走出来也说不好。
另外就是澎湖的炮台了，这里被视作台海锁钥，闽海门户，海防还是相当重视的，因此大炮数量众多。至少朱濆认为，只要能压制住炮台，他自己就能攻占澎湖。
事实上朱濆还是太高看自己了，朱濆的手下，海战确实有两把刷子，但那是跟清军水师比，陆战就完全是门外汉。
在当地渔民的带领下，周琅舰队有惊无险，六艘武装商船，进入妈公港后，连通朱濆麾下五十艘福健霆船，在号称能停泊千艘船只的妈公港港池中，一百多门舰炮，同时齐射，与炮台火炮对轰。
此时周琅舰队大炮齐名，本以为会跟清军进行炮战，可打了半天，也不见对方发炮，终于等到对方发炮，却只打在了水面上，激起水柱。
炮战持续了半个小时，周琅看到清军炮台的还击越来越少，越来越慢，知道时机成熟，这才建议朱濆派兵登陆，此时周琅才看清了对方的弱点，几十艘大小船只涌上附近的滩涂，乱糟糟一片。
清兵直接出城搦战，几百人就击溃了朱濆的上千人。