周琅已经进入了福州城，就像魏连理说的，这里人心惶惶，打下福州没费多少力气。
当然相比漳州和泉州来说，福州之战耗时多了一些，几乎用了五个小时才占领全城。
可对福州这样一座城市来说，五个小时，基本上相当于行军速度。
相比漳州和泉州，福州作为总督驻锡地，守军还是很多的。其中驻防八旗不算不堪一击的水师，也有2200人的兵额，另外福州是有满城的，八旗驻防一百多人，人口滋长比汉人尤甚，正兵之外，还有军饷微薄的养育兵和余丁等，都是发武器的，必要时候可以作为軍队参战。福州将军直属的绿旗营有左、右两营，共有官36人，兵1575人。
数量更多的是绿营兵，分别是督标、抚标和福州城守协三只軍队，分数闽浙总督、福建巡抚和福建福建陆路提督军务总兵官（俗称总兵）管辖。
其中督标分中、左、右三营和水师营，水师营在城外水战中已经溃逃，督标中营由副将统领，有官兵958人；左、右营均由参将统领，各有官兵971人。巡抚标兵营分左、右两营，左营由参将统领，有官兵803人；右营由游击统领，有官兵708人。总兵协营同样分左右两营，左营由都司统领，有官兵1247人，右营由都司统领，有官兵1401人。
福州总兵力总计下来，兵力超过一万。
但问题很多，一来驻防分散，二来统属不一，最大的问题是指挥体系发生了混乱。
按照满清军制，理论上最强大的军事力量是由福州将军统辖的，也就是驻防八旗和将军绿旗营，总兵力三千多人，绿营被总督、巡抚和总兵分别管辖，这种军事设计，有内外兼防的考量。
福州驻防八旗虽然主要是汉军旗，可除了三藩之乱和康熙时期还有汉军旗人担任将军，后来都开始以满洲权贵担任将军，之前的将军就是魁伦。满清的目的很简单，就是用满洲人制汉八旗，用汉八旗制绿营兵，联合蒙古统治汉人。
小族治大国的背景下，满清统治者始终最担心的是内部的叛乱。因此让八旗将军统领理论上最强的战斗力，这样足以压制总督、巡抚等文官手里的軍队，不至出现地方叛乱。
可整个体系运作良好的情况下，确实能达到效果，可一旦整个体系出现了问题，就会出现防内不防外的尴尬局面，将军的軍队反而成了镇压地方的依仗，这本来是警察该干的活。将军可以威慑总督、巡抚，却无法威慑外敌。
绿营就更不堪了，为了不让地方官掌握太多的军权，一个绿营被分为三块，归总督、巡抚和总兵三人统领，如果是一场准备有序的战争还可以从容的联合管理，可碰到被周琅偷袭这种遭遇战，那就会显得过于散乱，无法形成统一的战斗力。
最严重的，其实并不是制度上的缺陷，而是魁伦的自杀。
魁伦之前是福州将军，总督伍拉那和巡抚浦霖被查之后，长麟来接替了总督职务，魁伦兼任了巡抚，后来长麟被调回，魁伦被擢升为总督，他的福州将军职务被取消，乾隆任命了一个叫做福昌的将领来接任，可对方还在路上，预计时间得十二月多才能到，按照程序以及乾隆的旨意，在福昌到任钱，将军印继续由魁伦保管。
也就是说魁伦之前还继续履行者福州将军的职务，他的自杀立刻让驻防八旗群龙无首。
绿营方面，魁伦已经接替了长麟作为总督，绿营中最强大的督抚标兵归他管辖，他自杀后，这些标兵也无人管理了。府标方面，巡抚浦霖被问罪，新任巡抚跟福昌一样，还没有就任，此时处于空缺状态，之前由魁伦兼任，魁伦的自杀也让府标失去了统帅。
这就是真正的问题所在，由于福建贪腐案发，乾隆或者出于让位前的立威，选择支持魁伦在福建兴大狱，结果导致福建官僚体系的巨大破坏，高级官僚都严重缺位，魁伦一人就身兼了总督、巡抚和将军三大要职，权力高度统一，让他可以抽调数万大军出征凤山县，可当他自杀后，却也让大部分军事力量失去了控制。
这些情况造成的混乱如何结合軍队的腐朽，就会产生令人发指的情况。
周琅攻入城后发现，自己打死的清军连一千都没有，可清军却战死了两千多人，他们竟然是死于内斗，在大军压境的压力之下，福州清军竟然出现了火并的情况。
火并的原因让人哭笑不得，不是为了上前线打仗的意见分歧而火并，而是为了争夺逃路发生的火并，而且火并的双方竟然是八旗和绿营，后来经过审讯发现，火并是八旗挑起的。
福州驻防八旗是康熙年间设立的，共驻扎了四旗，镶黄旗、正白旗、镶白旗、正蓝旗，都是汉军旗。驻地在城东，四旗营负责各城门之启闭与防守。乾隆十九年添设正黄、正白、镶红、镶蓝四旗，是满洲八旗。