由于朱元璋的计划被徐达完成的太过顺利，绝大多数文武官员都坚决支持这个方案。有现成的成功案例不去参考，非要用常遇春那个没有实践过的方案，谁能放心。
但周琅却打算直接攻打北京，既然自己手下这些文化背景和学识不尽相同的幕僚们态度如此一致的认为应该按照朱元璋的北伐线路来，那么清廷肯定也这么认为，他们的防御也会根据这种方案来进行，周琅却去突袭北京，一定会打的对手措手不及。
另外周琅目前的局面，跟朱元璋当年也不太一样，朱元璋是已经扫平了长江流域的各路势力，湖广一带已经纳入版图，长江以南没有后顾之忧。周琅现在并没有完整占据湖广，满清重兵在荆襄一带布防，随时都打算水流而下。武昌以西，水道变窄，周琅大船无法通航，争夺制江权难度很大，敌人占上游死守，荆襄都是历史上有名的坚城，强攻耗费时日太多，所以以防御为主，先灭清，后图一统。
由于荆襄之敌不能大意，所以周琅无法做到朱元璋那样长驱直入，也无法放心从山东攻取河南，因为那意味着荆襄清军有可能会从腹背反击，有荆襄在，即便占了潼关，意义也不大，堵不住陕甘清军从汉水出击。
因此周琅力主速战速决，一战灭清，直取满清中枢。
至于朱元璋担心的孤军深入问题，在周琅这里根本不是问题，他有庞大的水师舰队，大海对他如履平地，海路乃是通途，大海能为周琅所用，而不能为敌所用，通过海陆，甚至可以说江南跟京津根本就是接壤。
周琅出江南，从海陆直逼京津，像上次那样攻打北京，不同的是，这次不再是尝试，而是志在必得。
由于周琅不能亲临前线指挥，所以他就只能选择速战速决，从陆路北伐山东的话，陆路通讯效率会严重影响他的指挥。
于是在周琅强势坚持下，幕僚出身的兵部文官们退让了，北伐计划立刻就变成了水陆并进。
水师护送大军北上京津，占领天津，然后主力登陆，强攻北京；陆路则按照传统线路，进兵江淮，从江淮北上攻取山东。同时还能牵制江淮、山东清军，让他们无法增援北京，如果他们增援，则江淮、山东必失，周琅大军还是可以汇集北京。
两路大军，互相牵扯敌军兵力，如同拉锯，让其首尾不得兼顾，未必比朱元璋的北伐策略差。至于其他方向的清军，主要是湖广、川陕的清军，湖广方面，只要赵文能挡住，不让他们顺江而下侵袭江南即可，川陕清军路途遥远，等他们到了北京，正好以逸待劳在北京周边平原上将他们野战歼灭。
所有的计划统一，筹备工作完成。
大周二年三月（嘉庆六年三月，西元1801年5月），周琅焚表祭天，传檄天下，檄文曰，王师北伐中原，拯亿兆黎民于水火。值此北定中原之日，匡扶中华之时，凡天下汉家英雄当举义旗，诛暴虐……
大军即刻开拔，尽起水路大军四十万，北伐满清！