好在因为满清在伊犁设置了驻防八旗，伊犁大体还在清廷手里掌控，伊利将军也对嘉庆表示了恭顺，给嘉庆带来的軍队和文武官员都做了安顿。
为什么来伊犁，这其实是一个在太原时候的选择，当时他有两个选择，一个是出关去蒙古，然后绕道盛京，回祖地，依靠盛京八旗立足，一个是去陕西。但当时朱珪告诉他，一旦去了盛京，那么陕甘四川三省劫不复存在，陕西的王杰又上奏说他招募了四十万秦兵。嘉庆那时候还没有完全绝望，陕甘、四川的物资、人力也实在是不忍放弃，于是就逃到了陕西。
等到敌人兵临西安府的时候，嘉庆就已经没有选择了，除了闷头往甘肃跑，其他方向都不安全，跑到了甘肃，对方追来就只能往伊犁跑。
嘉庆当然不想放弃东北祖地，可哪里其实也没有什么，只有辽宁得到了开发，吉林开发了半个，黑龙江一片荒芜，就算开发了的辽宁，相比关内的来说，其实也很荒凉，整个东北才有一百二十万人口。
在人口数千万的陕甘四川面前，还没放弃复国迷梦的嘉庆不难选择，可东北也不能放弃，哪怕现在他到了伊犁，依然不能放弃东北，不是不愿意放弃那里的地，而是不能放弃那里的人。
东北人口虽少，可是軍队却多，还是没有受到关内风气腐化的关外八旗。东北各地驻防八旗，主要集中在盛京周边。这些八旗兵跟入关前的满洲人已经不同，他们被称为“新满洲”。是从更北边的宁古塔、吉林乌拉等地部落中抽调组建的。
由于康熙时期的封禁政策，这些新满洲所在地区，没有繁华的街市，生活相对简朴。清廷给这些从各地部落征募来的士兵，按口授田，但也只是一个名义，东北不缺地，允许这些人随意开荒，勤恳的旗人收获颇丰，不但能养活自己一家老小，还能把马养的膘肥体壮。
唯一的缺陷是，关外八旗知识水平普遍落后，作风野蛮，从关外调入关做官的旗人，往往受到北京八旗的歧视，看不起他们。为什么文化落后，是因为早在康熙年间，就没人愿意去东北当官了，康熙二十一年（1682），“新补奉天副都统查库，规避不赴任”受革职处分；盛京将军安珠护亦“每向人言，愿来京师作部院文官”。有宁愿革职的副都统，也有愿意来北京做小吏的盛京将军。说明哪里真的是没人愿意去，这还是康熙年间的事儿，乾隆时期，关内更加繁华，就更没人去了。
所以关外八旗的士兵是本人满洲人，连官员都不得不从当地选拔，导致官员素质很差，官场的风气也很坏。但有一点好处，这些粗鄙的汉子忠心，让嘉庆颇为感动。因为他一封调令过去，盛京将军就带着一万多八旗整体横穿蒙古草原奔赴伊犁助战。还让宁古塔将军把管辖下黑龙江一带的部族，比如索伦部（鄂伦春人），赫哲部能带到伊犁的都带过来。
加上外联外藩蒙古，又征召了一批牧人，青海、西藏诸部王公多多少少也有来投奔的。这些軍队加上嘉庆从陕甘带出来的几万軍队，加上伊犁驻防的几千八旗，总兵力达到十万人。许多一路从北京跟着嘉庆逃到伊犁的八旗子弟，虽然勇力不足，可是知识水平还算是不错，这一路的“远征”也算是磨砺出来了，让他们带着，分驻边地各个卡伦（边境哨所，有的深入哈萨克草原），总算是遏止住了中亚牧民的自发劫掠。
之后稳定内部，此时清政府对伊犁的管辖是十分松散的的，只有哈密等少数地方有汉人的屯垦群落，伊犁周边是土尔扈特四部游牧地区，南疆是回部诸番，与各部头领会盟，保证大清会继续厚待诸部，要求诸部派兵助战，又增添了两万兵力。
进度如此顺利，嘉庆仿佛换了一个人一样，忘记了关内的市井繁华，习惯了瀚海的戈壁风沙，在广袤的地方待久了，人的胸怀似乎也变得宽广了一样。抓紧时间训练士卒，打造兵器，筹集粮草，还多次深入哈萨克草原围猎，狠狠震慑了哈萨克汗国一番。
说是震慑哈萨克汗国，不如说是震慑俄国。
因为哈萨克实际上已经被俄国人控制了。哈萨克一直分为三部分，称大中小三玉兹内部斗争一直很激烈，除了个别强势的首领崛起能够一统哈萨克外，大多数时间都是各自为政，甚至互相攻伐，因此很难抵挡外敌，康熙到乾隆时代，一直被伊犁境内的准格尔蒙古人压制，沦为准格尔的附庸。
可准格尔太不知道好歹，反复跟满清交战，分别多次被康熙和乾隆打的覆灭，最后一次是1850年代，乾隆再次击败准格尔，彻底结束了准格尔对哈萨克的控制。但草原上少了一个霸主后，权力真空马上被沙皇俄国填了进来。