阿里推行了一系列改革，清洗了统治埃及五百年的马穆鲁克势力。马穆鲁克相当于埃及的封建领主，他们掌握着地方的包税权和土地的，拥有自己的武装，一般情况下，即便是在奥斯曼帝国统治下，埃及的总督也只能出自这个阶层。他们控制着埃及的所有权力。
1811年3月1日阿里以帮助奥斯曼帝国的哈里发镇压阿拉柏半岛的反叛势力为由，邀请开罗附近的马穆鲁克大小头领及其随从470人前往萨拉丁城堡出席宴会。平素骄横惯了的马穆鲁克头领根本不会想到阿里敢把他们怎么样，结果他们遭到了屠杀，只有一个人漏网，这就是埃及历史上著名的萨拉丁堡屠杀事件。紧接着，穆罕默德·阿里在全国展开大搜捕，一共消灭了一千多人，残余分子或仓皇逃窜各地，或就地宣誓效忠阿里。
消灭了马穆鲁克集团之后，阿里取消了他们的包税领地，并收归国有。推行一整套严密的统治体系，打造了一个中央集权制政权。
清洗了旧势力之后，可以对国家进行大刀阔斧的改革了，他改革赋税制度，废除包税制和宗教地产的免税权；大力兴修水利，扩大耕地面积，革新农业技术，鼓励发展优质棉花等经济作物的生产。
在工业方面，创办以军事工业为主的埃及第一批近代机器工业，兴建官办纺织、造船、军火等工厂，积极发展与国计民生有关的民用工业和农副产品加工工业；允许少量企业由私人资本家经营，限制外商投资；引进西方先进设备进行仿制，聘请外国技师培训本国技术力量。
在贸易方面，利用行政手段向人民销售本国产品，豁免出口税以鼓励本国商品的出口；用本国铸造的货币取代奥斯曼帝国货币，确定本国与其他国家之间的货币比值，稳定物价；在全国实行商业垄断，产品由国家专门机构统购统销，在国外开设商馆经办进出口贸易。
这一套高度中央集权的体制，虽然长久来看大大阻碍民间工商业发展，可短期内，将农业、工业、商业的所有利益抓在了政府手里，以埃及这样一个富庶的地区做后盾，中央政府掌握的财政力量变得空前强大。
以充足的国家财政做支撑，以强大的中央集权为后盾，他废除传统的雇佣兵制度，实行征兵制；按照欧洲方式改组陆军，聘用西方军事专家训练新军；大力发展海军事业，建立地中海舰队和红海舰队；创办军官学校以及步兵、炮兵等各种学校。埃及迅速成为中近东地区一支最强大的武装力量。
但阿里王朝在外交上，一直打着奥斯曼帝国的大旗，到处帮奥斯曼帝国镇压叛乱，从1811到1818年，连续八年出兵阿拉柏半岛，镇压瓦哈比教派反对奥斯曼人统治的起义，并占领麦加和麦地那，尽管阿里是以奥斯曼帝国的名义，来扩张自己的实力，可他对奥斯曼帝国一直保持着名义上的附属关系，欧洲公司不得不考虑埃及的态度。
果然阿里并不支持欧洲公司占领克里特岛，至于原因并不清楚，总之不可能是阿里所说的他们站在哈里发一边的理由。历史上埃及也是跟奥斯曼帝国组成联军镇压希腊独立战争，其中埃及軍队甚至是主力，派遣了海陆军九万人参战。
欧洲公司还猜测，是阿里王朝并不想让欧洲公司的势力渗透进入地中海，这样欧洲公司就不得不一直依附于埃及的庇护，在埃及的支持下管理苏伊士运河，每年为埃及提供上百万英镑的财政。而且还不得不以埃及作为进出欧洲的后方基地，从埃及采购大量的后勤物资，又为埃及提供数以百万的商业利益。一旦欧洲公司在欧洲立足，对埃及的依赖就会变小，这不是埃及人愿意看到的。
另外有一点，欧洲公司猜测阿里王朝对欧洲也有野心。这几年阿里四处扩张，往东南方向扩张到了阿拉柏半岛，往南沿着尼罗河攻占了苏丹，修建了喀土穆。最近则跟奥斯曼帝国使者往来不断，恐怕已经在商议关于希腊的问题。
阿里王朝不支持欧洲公司，公司的暂时不打算为了克里特岛开罪埃及，因此并没有接受奥地利的联合要求，继续静观其变。
而奥斯曼帝国已经把战争的主要方向调整到保加利亚，而不是镇压希腊独立了。
俄国十五万大军长驱直入，奥斯曼軍队节节败退，对方已经进逼伊斯坦布尔，此时保卫首都才是最紧要的事情，至于希腊人，已经顾不上了。
第八次俄土战争，提前打响了！