后来玄慈方丈知道了萧远山此行的真相，并以为萧远山夫妇都死于自己手上，后悔莫及、万念俱灰，于是他将萧峰送到乔三槐夫妇处，让他们养育萧峰长大。最终少室山上少林寺前被揭穿“带头大哥”及叶二娘“情人”身份而自罚杖责200棍，并自绝经脉而死。
玄慈方丈在该书中虽然出场次数很少，但在故事结构中扮演重要角色。
玄慈出身少林寺，熟练各类少林武功，在四十岁上见猎心喜，练成百多年来未曾有人练成的大金刚掌，可见玄慈是百年一遇的天才，内力却纯走刚猛路子。
曾听信慕容世家慕容博的谗言，担当带头大哥带着丐帮帮主剑髯汪剑通、智光大师、赵钱孙、万胜刀王维义老英雄，地绝剑黄山鹤云道长、山西大同府铁塔方大雄三哥和江西杜氏三雄等二十一人名宋朝武林高手攻击去岳父母家的一对夫妻。
岂知男子竟是辽属珊大帐亲军总教头萧远山，萧远山只以一己之力就能把二十一人杀剩四人，宋朝武林高手中有人头颅四肢横飞，有人活生生被撕开，玄慈方丈奋力应战萧远山，最後仍不敌被点中穴道。
战后只有玄慈和汪剑通、智光和赵钱孙活了下来（智光飞到了树上，赵钱孙吓晕了过去，玄慈及汪剑通也被点中穴道），萧远山的妻子却不幸死亡，此役群雄的厮杀，史称雁门关大战，后来知道了情况，以为萧远山夫妇都已经死亡的玄慈，后悔莫及、万念俱灰，后他将萧峰送到乔三槐夫妇处，让他们养育萧峰长大。
后来叶二娘爹爹生了重病，玄慈前来为他医治，救了叶二娘爹爹的命，叶二娘对玄慈既感激，又仰慕，贫家女子无以为报，便以身子相许，成为后来虚竹的父亲。
萧峰在知道自己契丹身份后，决意找到当时杀害父母的人。
在菩提院与达摩院首座玄难和戒律院首座玄寂发现擅闯少林寺的丐帮帮主乔峰和假扮止清的阿朱，并立刻围捕二人，使出大金刚掌撃来，乔峰以铜镜挡架，产生的掌力虽未撃中阿朱而且掌力减去十之八九，但这凌厉之极的掌力已间接轰中阿朱，使她半死不活，几乎丧命。
曾化名迟老先生使佛门最精奥的掌法般若掌与乔峯的降龙廿八掌对掌，查察他是否杀死玄苦大之师之凶手，其间悟出最後一掌一空到底。
武林人士宁愿各自死在萧峰手下，也不肯供出当年的带头大哥是谁，直到萧峰被骗误杀妻子阿朱后，方才痛心罢手，不肯追究。
此后，逍遥派第三代掌门灵鷲宫主人虚竹大战吐蕃大轮寺鸠摩智明王时，因使处逍遥派武功，虽护寺成功，但违反戒律，适时丏帮率众上山与少林争取武林盟主之位。
时後玄慈须行责打及废除虚竹武功、驱逐出少林寺，而在执行杖责时，掀开虚竹僧衣，露出腰间九点香疤，引发叶二娘大呼我的儿啊！而此时，当初自杀未死的萧远山出现，说出虚竹乃是叶二娘、玄慈之子！
萧远山在落崖后潜伏少林寺，并报仇抢走虚竹，使其二十四年内不知父母；而叶二娘也因此伤心欲绝，从此行恶专偷他人孩子。[7]
事实真相大明后，因果连连相扣，玄慈与叶二娘一同自杀，而刚得知身世父母的虚竹却不得不接受同日父母双亡的事实。
说这玄慈是有情之人。
在人世间难分难舍，做下种种恶行。然而，人都会做错事，但是作为一个修炼人，对自己做错的事是一个什么态度，是决定着他的修炼层次的。有时候，当要一个人放下名利情时，那比要他去死还难。而我们的玄慈方丈，在天下群雄面前，认下了儿子虚竹和二娘，那是真比要了他的命还难受。但是，作为修炼者，玄慈放下了自己尊贵的身份，勇敢的承认了自己的错误，接受寺规的制裁，直看得我痛哭流涕。真丈夫，好男儿，不愧为少林寺一代高僧！
玄慈与神山，并称“降龙伏虎”两罗汉。
玄慈是本书一个关键角色，但戏份却并不多，见其德高望重，智方行圆，侃侃而谈，机锋过人，确有一代高僧风范。
但玄慈却也是无情之人。
一段对话有情不代表就真的有情。
最无情的人在某些时候一样可以抄两段琼瑶奶奶的文字来玩玩煽情。