新的贵州省，以贵阳、遵义为中心，逐渐向外围归化，直至与四川、云南、广西完全融合为汉化区；而新的云南省，则是以昆明为政治经济中心，楚雄为交通中心，更西面的大理，做为文化旅游中心……
李自成对照行军地图，将云贵的地理、形势重新梳理一遍，只要在当地驻军，应该比想象的要容易一些。
负责管理两省的主要文官，在这个时候就显得十分重要了。
李自成沉思良久，决定在当地选定熟悉的人数担任主官，新的贵州省长，是大明时代的四省总督兼贵州巡抚李若星。
云南省的情形相当复杂。
先是武定土司吾必奎，趁着张献忠到达云南的机会，纠结一部分土司造反，脱离黔国公沐天波的掌控，开始自立。
沐天波调石屏土司龙在田、嶍峨土司王扬祖、蒙自土司沙定洲、宁州土司禄永命、景东土司刁勋等部，对吾必奎坚决予以打击，加上张献忠在侧翼的呼应，吾必奎兵败被俘，遭到杀害，土司被废。
但沙定洲在征伐吾必奎的战斗中，实力逐渐增大，加上迎娶了阿迷州土司普名声的遗孀万氏，将蒙自、阿迷两土司合二为一，便以生员汤嘉宾（万氏的妹夫）为谋主，起兵自立。
直到天命军第八营来到云南，才最终剿灭了沙定洲，将主要反叛人员诛杀，平息了叛乱。
沐天波这才意识到天命军的实力。
天命军第四营、第九营先后进入云南，不仅将张献忠的势力向南驱逐，也让沐天波坐卧不宁。
沐天波世受大明国恩，忠于大明朝廷，但随着贵州、云南归属于华夏，他已经认识到，大明已经成为过去，不可能再回来了，最终在天命军压力下，全师归顺了华夏。
黔国公沐天波、云南巡抚吴兆元、巡按吴文瀛；楚雄分守副使杨畏知、推官王运开；参与平叛的石屏土司龙在田、嶍峨土司王扬祖、宁州土司禄永命、景东土司刁勋，还有沐天波的弟弟沐天泽和沐天润、儿子沐忠显、沐忠亮等，正在云南等待华夏朝廷新的任命。
土司参与了吾必奎、沙定洲的叛乱，实在是给了华夏最好的机会。
参加叛乱的土司，必须坚决消灭，哪怕只有一丝一毫的瓜葛，也绝对不会放过，宁可错杀，不可漏杀!
参与平叛的土司，可以适当以财物、官职奖励，但土司制度必须废除，土司们交出军事、赋税上的特权，他们的平叛活动，是支持黔国公沐天波、支持已经不存在的大明朝廷，并非支持华夏。
李自成对着复杂而散乱的云南地图，实在有些头疼，因为地形上的缘故，云南不仅土司繁多，行政区划特别零碎。
他最终还是决定，由沐天波出任云南省长，但废除原先的黔国公头衔，不再有世袭罔替的爵位，除非在开疆拓土方面建功。
根据四川归化异族的习惯，李自成决定重新划分云南的行政区划，将云南府更名为昆明府，以原四川巡抚吴兆元为知府；昆明府西面，是楚雄府，以楚雄分守副使杨畏知为知府，推官王运开为法院院长。
两府之内，取消一切土司，全面实行州县制。
昆明、楚雄两府的建立，可以保证云南省的政治经济、交通，确保云南省与北面四川省紧密联系在一起，但还远远不够。
土司叛乱，这么好的机会，李自成怎可放过？
他想起中央之国新疆区长的一句话：汉人再多，都不会发生叛乱的事，发生叛乱事件的，都是异族，不要责怪中央政府加强军事监管……
或许有些土司永远不会背叛华夏，但华夏必须在土司存在的地方，留下大量的兵力，为了减少驻军等成本，土司必须废除!
为了护卫昆明、楚雄两府，李自成决定，在楚雄的西面，设立大理府，由原云南巡按吴文瀛为知府；昆明、楚雄的南方，名称十分混乱，李自成清楚地记得，后世的时候，这些地方以玉溪烟、普洱茶闻名于世，便立为玉溪府、普洱府。
云南地方再无有名望的重臣，知府只能从朝廷派出的官员中任命了，李自成想起，云南的军报中，多次提到宁州土司禄永命，便想树立典型，如果禄永命愿意归化为汉人，可以出任玉溪知府，也可以选择来第八营任职，但其余的土司，在归化为汉人之后，最多只能出任知县，如果拒绝汉人身份，坚决不允许在官府任职。
其余的府县，只能一步步来了。
云南地形复杂，地方官府根据地形确立边境，协商解决，无法协商的，由云南省府决定边境，报朝廷批准，但不得出现“三不管”的地区。