根据周士相和宋襄公事先商定并集合现有武器装备，太平军自即日起整编为步军左营、步军右营，亲兵营、炮营、辎重六营，另编水营一部、骑营一部，同时成立军帅府并增设预备兵营。
步军左、右营由原陷阵营、雄威营、震虏三营合并而成，不足兵员由近卫、虎捷抽tiáo。
整编后的步军左、右营各3000人，其中步军左营武器标配为刀1000把、矛2000杆，弓160张、弩30具，另有铁甲150具，棉甲1200幅、盾900面。
步军右营为半火器兵，武器标配为铳1200杆、刀500把、矛1200杆，斧120把，另铁甲60具、棉甲600幅、盾300面。
亲兵营由原近卫营改编，全营兵力1000人，武器标配为刀200把、矛800杆；
炮营全营兵力1000人，设有大小铜炮116门，铳炮130杆、虎尊小炮40门，另有炮车150辆、双lún推车100辆，拉炮用驽马、驴、骡合计400头。
辎重营由近卫、虎捷二营剩余兵力并抽tiáo原后营保安团丁组成，兵员配制为1500人，武器以刀、矛为主。太平军原先拥有可拉车的牲畜除tiáo拨炮营外全部集中于辎重营，供运输使用。
水营以新招香山渔民及原降兵中的cháo州兵组成，暂定800人，因水营为新组建，故还没有战船配署。
为解决水营有名无实的尴尬，周士相让廖瑞祥尽量从渔民手中收购渔船，将其改建为可在内河驶行的小型战船，供水营先行训练起来。另外还要重金聘期工匠到香山为水营打造能在珠江、谭江上面航行的战船，最好还能在海上航行。
这个要求显然有些不切实际，公库的资金也不足以承担打造水师的要求。因此周士相便只能耐下性子缓步发展。抱着试一试的心态，他派人到新会向陈奇策购船，还让人到沿海地区要渔民带话给洋上海盗，若他们愿归顺太平军，周士相将予以重用。
骑营由邵成国的骑兵队扩充，因战马、骑手不足，短期内无法进行大规模扩充，故暂定兵员300人，实际有战马52匹，驽马80匹。
整编后。太平军建制兵员10600人。
步军左、右两营营兵力配制为10人一伍，50人一队，300人一卫，600人一旅，全营为一师（营）。
一伍设伍长一名，小旗衔、副伍长一名，军士衔；一队设队长一名，总旗衔、副队长两名，小旗衔；一卫设卫长一名。百户衔、副卫长两名，试百户衔；一旅设旅长一名，千户衔、副旅长两名，总旗衔；一师设师长（营官）一名。卫指挥使衔、副师长两名，指挥同知衔。
同时于各队设安军小使一名，小旗衔；各卫设安军中使一名，总旗衔；各旅设安军大使一名。百户衔；各师设安军使一名，千户衔。
亲兵营和辎重营、炮营参照步军左、右营定制编员，水营和骑营因规模不及以上诸营。暂以一旅定制，对外则称全营。
各营营官人选分别为：
步军左营营官葛义，副营官姜樊、宋二牛；
步军右营营官铁毅，副营官郑铁柱、王有喜；
亲兵营营官邵九公，副营官管三水、朱庆来；
炮营营官齐豪，副营官牛根生、江四海；
辎重营营官赵四海，副营官陆武、崔豹；
水营营官唐正兵，副营官郑庆、钱来；
骑营营官邵成国，副营官王化、鲍德。