三湾的大火整整烧了三天。
这三天，扬州左近一片平静，战争仿佛一夜之间远离了淮扬大地。
若不是那些不时出没的骑兵，以及一座座平地突地的高大坟堆、还有那阳光都融不化的血冰，很难让人想象这里不久前刚刚经历了一场大战。
得胜的太平军在舔舐伤口，败了的清军同样也在重整。
鳌拜领着败兵撤回扬州后，顺治召见了他，却没有bào怒，命侍卫将鳌拜的顶戴拿下，然后推出去砍了。
主奴进行了一番长谈，尔后鳌拜便奉旨收拢各处溃兵，趁着太平军停留在三湾没有北进的空档，鳌拜陆续收拾了两万余兵马。皇帝的舅舅科尔沁亲王吴克善也响应外甥的召唤，带着所部返回了梅花山下的旧营。顺治和舅舅谈话时，没有提及一句科尔沁兵北退的事，只是表达了对战死的三舅舅索诺木的哀思之情。
经清点，此役清军共阵亡（被俘、失踪）37000余人，其中满州兵4200余人，蒙八旗4100余，内蒙及外蒙兵共7000余，汉军损失二十一个牛录4700余，绿营损失近两万人。除此以外，退回扬州的正白、镶白兵只剩五个牛录不到千人，据信有三千左右的两白旗兵阵前倒戈降了太平军。
鳌拜战败后，原守铜山一线的噶布喇害怕遭到太平军前后夹击，也仓皇率军往扬州方向撤退。后与从戴家庄一线撤下来的贝勒常阿岱、蒙古郡王额森、雍贵、佟国维、刚阿泰等部会合在扬州西面的白羊山一带，合有兵马一万三千有余，内中满蒙骑兵只不到四千。
噶布喇和常阿岱都害怕会被皇帝治罪，因此不敢马上前往扬州。待扬州索尼消息过来，说是皇帝连鳌拜都没有治罪，常阿岱他们方才松了口气，由常阿岱领头往扬州发去奏疏。
铜山清军退往白羊山后，太平军第十五镇和新三镇余部在镇将齐豪和邵成国的指挥下东进三十余里，与第五镇残兵会师。第十五镇有兵2600余，新三镇有兵1900余，第五镇残兵1300余，三镇兵力相加竟不足一镇。但三镇却以巨大的伤亡重创了两万余清军，仅在戴家庄，第五镇就斩杀清军五千有余；铜山一线，清军伤亡也达到了三千多。
鉴于于世忠战死，三镇兵又都残缺，已经无法再独自承担进攻任务，周士相便命第五镇残部暂归齐豪指挥，三镇进驻戴家庄，将俘虏的大量汉军和绿营兵补充三镇。待俘虏补充到位后，三镇优先返回瓜洲，渡江休整
顺治的心情很是不好，三湾大败的第二天，北京就来了急递，说是董贵妃的病情越来越严重，这让顺治愈发烦燥，既担心北京的爱妃，又担心眼前这大败的烂摊子。
扬州城内有一种意见，认为皇帝已经没有必要再留在扬州，大军当即日北返，扬州就丢给太平军好了。
首议撤军的是漕督蔡士英，蔡家是汉军八大家之一，所以他的话得到了不少官员赞同，尤其是汉军出身的将领们。满蒙官员们也有很多人倾向撤军，这场大战就好比当年的松锦大战，不过获胜的明军而矣。在这些满蒙将领看来，太平军能够取得这场大战胜利的原因一是他们有运河水道之便，二是武器太过厉害。扬州左近又实在不适宜大兵团骑兵作战，本身又在十多年前被屠城过，单从丁口钱粮上说，扬州府已算是下府，因此就是块jī肋，食之无味，不如就此放弃，大军立即退往北方。
大学士巴哈纳认同撤军意见，指出大军一旦北返，太平军固然能够取得扬州城，但却也无法向北进取。他提议皇帝须马上回京，但可在徐州和南阳等地留驻jīng兵，这样以步兵为主的太平军势难威胁到山东和河南。等朝廷喘过这口气，再和太平寇决一雌雄也不迟。