在霍夫曼强力整合与推动下，原本散落各处的超级炸弹项目人员与科研力量逐渐整合在了一起，但其间并不顺利，陆军军械局、海军和空军军备局等军事机构、威廉皇帝物理研究所等研究机构均纷纷插手，行政的、经济的、学术的乃至意识形态的力量渗透其间，表面上大家都为了同一个目标，但实际上各有各的小算盘，这让霍夫曼很头疼。
那些明面上彬彬有礼的专家中也存在着不大不小的矛盾：以海森堡为首的理论物理学家与瓦-尔特-博特为首的实验物理学家之间存在着“能源派”与“炸弹派”的矛盾，炸弹派中又有“铀路线”与“钚路线”的分歧。在霍夫曼看来，所有关于早期原子能利用与核工程项目中出现过的争论在德国科学家身上都可以找到，偏偏一个个来头不小且互不买账。
更要命的是，科学家们虽然彼此间争得面红耳赤，但对行政官僚和军方将领的态度却基本一致——认为他们啥也不懂。在专家眼里，没有物理学或者放射化学博士学位打底，连入门讨论资格也没有。德国人崇尚权威不假，但学术领域崇尚的是学术权威而不是行政权威。倒是霍夫曼和这批专家们沟通几次后博得了初步认可，认为元首是官僚中最清楚铀项目底细的人。
施佩尔费尽心机进行了统合，建筑师出身的军备部长虽然同样对核武器一窍不通，但对工作统筹与项目人员进行了比较理想的搭配，完成了最让霍夫曼头疼的前期准备。根据统一安排，项目负责人由施佩尔亲自担任，日常工作组织开展与费用拨付由米尔希元帅具体负责，学术负责人则由海森堡和博特分别担任正副手。
米尔希元帅与铀项目的关系一直纠缠不清，直到被发配去看管战俘营后才脱离工程，但所有人都没想到，仅仅几个月，这个被认为完全靠边站的元帅重新站在舞台中央——不但担任了军备部副部长和托特组织的负责人，还出任整体项目的实际领导。
从1942年9月霍夫曼决定加速超级炸弹项目并拨款5亿马克以来，整个项目以“阿波罗”为代称加速运转，他前后陆续发布了4条最高指示，虽然每条都假托“美国情报”，但对项目具有重大意义。
第一，海森堡教授有关几吨、甚至几十吨放射性元素才能打造一枚炸弹的理论数值是错误的，必须重新计算；
第二，肯定了低浓度的核原料充当能源，高浓度的核原料充当炸弹的想法——让能源派与炸弹派都有台阶下；
第三，炸弹需要的元素有两种，一种是铀，一种是94号元素（钚）——肯定了“铀路线”与“钚路线”两条道路都有合理性；
第四，不管炸弹需要多少原料，先提取一些高浓度原料用于实验，积累经验，途径是离心机气体扩散法。
“尊敬的元首……”虽然海森堡最初的计算数字经过再计算后被认为是错误且进行了修正，但一干学者包括意见最大的博特教授并不认为他的能力存在问题，这是学术研究中的正常现象，海森堡本人愉快地接受了这个修正——虽然在霍夫曼看来离正确数字还差得很远。
他站起来进行主题发言，因为对象不全是专家，因此比较通俗易懂：“我们研究了情报人员从美国人那里弄来的草图，虽然不明白具体结构和设计意义，但原理是能推测出来一些的……现在，两座反应堆的运作都很良好。”
霍夫曼不动声色地点点头，他知道这句话后面的隐情：海森堡认为维持链式反应最好的减速剂是重水，并设计了“铀-重水反应堆”；而德国首席实验物理学家博特认为最好的减速剂是石墨，并针锋相对地设计了“铀-石墨反应堆”。两人之间既有理论派与实验派的对立，又有科研方向的不同。
施佩尔对此很头疼，以他孱弱的物理水平根本听不懂其中区别，论名气海森堡更响亮一点，论工作博特更早开展一些，直到霍夫曼拍板：拨款5亿，两种都搞。
博特关于石墨的实验实际上已搞过很多次，此前一次也没成功，海森堡自己也搞过，同样没成，但随后实验重水却成了——所以他认为石墨不行，只有重水才是正确道路。
好在霍夫曼知道其中缘由：德国科学家用的材料因几个犹太裔工程师使坏掺假以至于总得不出理论数字，然后这帮老实的科学家从没怀疑石墨有问题，总以为思路不对，霍夫曼介入后，困难一下子就排除了，这个结果让他提供的“美国情报”一下子在阿波罗项目中有了很高可信度，也让“最高指示”能取信于民。