宇智波一族的真正衰落还要从宇智波镜那里说起，宇智波镜，宇智波一族第九代族长，身为二代火影的弟子，并且是二代火影的贴身侍卫之一。
当年，小春，门炎，猿飞，团藏，宇智波镜，秋道取风六人共同担任二代的护卫，人称木叶六卫，享受莫大荣誉。
虽然是扉间的徒弟，但扉间对宇智波镜并不待见，反而处处刁难他，面对这样的区别对待，谨守尊师重道的镜只能默默接受。
自从宇智波斑离开木叶，宇智波一族和千手一族的关系急剧恶化，尤其是柱间身死，扉间出任二代之后，两族的关系越发变得水深火热。
柱间身死，二代对于宇智波采取敌视态度，多次用武力打压宇智波一族，并且将其驱逐到了木叶村的边陲地带，又在宇智波一族安插卧底，将宇智波一族牢牢监视起来。
作为宇智波一族的族长，镜自然知道自己任务艰巨，肩负起了联系宇智波一族和木叶村的重任，就算被人误解，被人排挤，但是为了一族，他忍气吞声，在夹缝中求得宇智波一族的安定。
只是，现实岂是那么容易？二代的不待见，族人的误解，木叶忍者的排挤，这些，都让宇智波镜身心俱疲。
好不容易，在二代那里征求到一点机会，让宇智波一族表现的机会。在宇智波镜的一手促成下，木叶村成立以宇智波一族为骨干的木叶警署部门，专门负责木叶村的各项治安管理。
就这样，宇智波一族再次被木叶重用，宇智波族人自然欣喜不已，最起码，他们知道了自己存在的价值，感觉到了，木叶村也是他们的家，在这个家中他们也有说话权。
只是，好景不长，二代担心宇智波实力渗透进木叶高层，便逐步将担任高层的宇智波一族解任，最后只保留了宇智波镜警署总长的这一职位。
真的，二代的多次质疑与不信任让镜心中痛苦万分，但是为了宇智波一族，他还是忍了下来。
到了第二次忍界大战，二代被水之国忍者围困，最终在与金角银角的埋伏中身死，临危受命的猿飞出任第三代火影。回到木叶村，木叶高层怀疑二代遭到埋伏是因为有人与水之国沟通，出卖机密，导致二代身死，最后彻查，木叶高层将目标对准了宇智波一族，认为是宇智波一族和敌人勾结，出卖火影，背叛木叶村！
可是，这也仅仅是猜测，当时，并没有任何证据指向宇智波一族，所以，事情就此作罢，但是，木叶村对于宇智波一族的猜忌和怨恨却是更加深刻了，隐隐中，将宇智波一族看做了眼中钉，看做了背叛木叶的犹大之流。
宇智波一族中，木叶的不公平对待与敌视让宇智波族人很是不满，他们明明什么都没做，却还是让人猜忌，就算牺牲了那么多，木叶对待他们的态度仍然像是对待叛徒一般。
身为族长，镜极力调和着宇智波一族和木叶的关系，所幸的是，镜和猿飞也算同窗，而且，他们之间的关系还算不错，而且，三代为人正直，丝毫没有小心眼，到了他这里，总算没有对宇智波一族做出过分之事。
天有不测风云，宇智波镜却被人暗杀致死，这次事件，再次成为了宇智波一族和木叶村之间的导火线，宇智波一族怀疑镜是被木叶暗杀，所以便准备发动暴乱替镜报仇，并且，其他凭借此次的暴乱结束木叶对于宇智波的压制，推翻木叶政权，让宇智波成为木叶的职权者。
暴乱自然没有成功，三代雄才大略，武不用兵，凭借个人魅力化解了这次的暴乱，并且承诺，一定会揪出凶手，为镜报仇。