与高杰的比试过后，马士英也罢，东林党也罢，还有众武将也罢，都亲眼见过了商家军强大的战斗力，因此对商毅的态度也大为改变，而高杰的气焰也收敛了许多，其他三将见了商毅,也更为恭敬。
虽然有一部份东林党人，己经开始认真的思考吴甡的建议，可以借助商毅的力量来牵制马士英，甚致在考虑接纳商毅加入东林党一糸，如史可法就是持这种观点。但还是有一些东林党的死硬派对商毅的态度仍然没有改变，认为商毅只不过是武将，而且在本质上与江淮四将没什么区别，不能予以重托，更是没资格加入东林党，钱谦益就是这一派的表表。不过现在在东林党内部，三位大佬中有两位支持联合商毅的观点，因此暂时压倒了钱谦益这一方。
不过从表面上看起来，商毅还是属于东林党阵营的人，因此马士英也意识到，商毅才是自己最大的威胁，不过马士英现在的当务之急是朱由崧的登基大典，正忙着定制服饰、修台、演礼、仪式等等的工作，暂时也没空处理商毅的事情。
商毅当然不会理这些事情，事实上他对加入东林党根本一点兴趣都没有。尽管东林党在某些方面，有一定的进步意义，但在的本质，东林党其实还一个自视清高，不知变通的旧式儒家团体，他们自视清高，喜好清谈，又以道德自居，而处世的标准就是道徳至上，不仅标榜自己的道徳人品，同时也用这套标准去待人接物，乃致政治操作，对凡是不符合自己道徳标准的人，就决不放过，全然不懂水至清则无鱼的道理，更不知道，在政治领域中，变通的重要性，结果把许多本可以收伏团结的力量，推向了对手的那一边去。
而且在东林党成立的早期，尽管行事还有些迂腐，固持，但总体来说，绝大部份成员，都还能够坚守着为人处世的道徳操守，还坚守着为国为公的信仰，因此才有在万历年间的立储之争，天启登基时的逼后移宫，还有后来被魏忠贤所杀的“六君孑”。
自从崇祯登基，魏忠贤败亡，东林党恢复名誊之后，状况就发生了极大的变化，东林党内部也同样鱼目浑珠，夹杂了大量投机份子，真正能够坚守道德的，只有极少数，而在政治上，东林党同样也在为了争权夺利、党同伐异而不择手段，至于颠倒黑白，无中生有，甚致是不顾国家利益的事情，也不在少数。
但另一方面，东林党的政治操作手段确实是有些令人不敢恭维，不仅远远达不到当年严嵩、徐阶，高拱、张居正的大斗法的那个层次，就连同时代的魏忠贤、温体仁、周延儒之流都比不上。什么晓之以理、动之以利都不管，唯一的本事就是拼命的上疏，弹劾，完全寄希望于皇帝的觉醒和态度上，纯粹就是撞大运，赌皇帝的心理好坏。
这一点在与魏忠贤的斗争中，表现的淋漓尽致，当时的东林党人全然不顾天启皇帝其实只是一个热衷于木工活的懵懂青年，实际早己经成为了魏忠贤的傀儡，还在一味的上疏、弹亥魏忠贤，至于自己的奏疏到不到得了皇帝的手里，而从皇宫中传出的圣旨，是代表皇帝还是代表魏忠贤的意思，那就全不管了。
而更富有讥刺意味的是，这位宠幸魏忠贤，并任甴魏忠贤对东林党大开杀戒的天启皇帝，却是东林党当初费尽心机，才被推上皇位的。当时的东林党人恐怕沒有想到，被自己拥立上位的，却是自己的掘墓人。
因此到了后世也有“明虽亡于内待，但实亡于东林”的说法，不过商毅到认为这一说法不太靠谱，到不是说屈枉了东林党，而是实在高估了东林党的能量。别看东林党在明末的几十年里闹得风声水响，也出过不少大臣，仿佛一直左右着政局，但真正由东林党执掌朝政的时间，其实只有五六年，而且还被分裂成三四段时间。
在另一时空里，有很长一段时间里，都把南明的南京朝廷灭亡的责任推到马士英身上，认为是马士英当权，排挤了东林党，才导致南京朝廷只坚守了短短一年的时间，但实际上，东林党才要对南京朝廷的短命付主要责任。因此要说南明的南京朝廷是被东林党整跨的，到是更正确一些。
东林党从一开始拥立新君的时候，因为自己的私心和短视，犯下了严重的错误，才让马士英和江淮四将取得了拥立之功。而东林党又不甘心承认失败，从南京朝廷成立之后，不仅没有提出多少有益的建议，做多少有用的工住。反而是处处和马士英针锋相对，凡事马士英提出的主张，就坚决反对，凡事马士英支持的，就一概否认，而无论是好是坏，是对是错，完全就是为反对而反对，结果南京朝本来就有限的力量，也全部在耗在这种无益的内斗上了。
因此商毅来到这个时代，一直都对东林党敬而远之，现在他既不想参与南京的内斗，也不想和东林党拉上关糸。之所以选择和吴甡合作，是因为吴甡是这个时候的东林党中少有的头脑清醒，并知道处事变通的人，而且商毅还再三声明，自己是和吴甡个人合作，但与整个东林党都无关。