当然现在东林党也没空来理商毅，他们的注意力都放在朱由崧登基这一大事上，当然真正关心的，其实还是自各在新朝廷中的地位和势力。因为朱由崧登基以成定局，那么就尽可能多的在朝廷中，由其是在内阁中安插人手，执掌朝政，也不失为是一个补救的办法。但马士英自然也不会放弃自己的权利，虽然他是拥立朱由崧继位的首席功臣，但如果不能入阁理事，那么一切就都成了浮云。
明朝的内阁制度首创于永乐年间，正式形成于宣德年间，一直到在正德年间，才逐渐成熟完善，因此尽管在后来明朝出现了两个二十多年不上朝理事的皇帝，但依然沒有大乱，内阁是起了相当大的作用。内阁的人选，一直没有定数，最多的时候有七人，最少只有一个，但在正徳之后的大多数时间里，一般都保持在四到五人之间，而围绕着新朝的内阁成员的人选，又展开了新一轮激烈的争吵。
而这一次出风头的，是上一次拥立朱由崧为帝时，被给事中李沾之抢了先的诚意伯刘孔昭。在史可法宣布推荐內阁戍员之后，刘孔昭首先出列，居然推荐自己入阁。这一下顿时上下大哗，史可法也被弄哭笑不得，只好道：“勋臣入阁办事，本朝尚无先例。”
刘孔昭马上接了一句：“即我不可，马瑶草（马士英字瑶草）有何不可？”其实刘孔昭也知道，自己是肯定入不了內阁，自荐不过是个幌子，重点是推荐马士英入阁，这样一来，自己在马士英心里的地位，也就大不一样了。
众人见他推出了马士英，一来是惧怕马士英的势力，二来也怕刘孔昭再发骠，因此也只好默认了下来。随后东林党赶忙出动，推出了史可法、吴牲、姜日广、王铎四名人选，五名內阁成员就这样定了下来。
就在崇祯五月十五日，朱由崧在武英殿正式继位，改元弘光，明年既为弘光元年。
任命史可法为东阁大学士、礼部尚书、内阁首辅，并加太子太保；马士英为东阁大学士、兵部尚书兼凤阳总督，右都御史、内阁次辅；吴甡为户部尚书、左都御史、东阁大学士；詹事府詹事姜曰广为礼部左侍郎，与原南京礼部尚书王铎也同兼东阁大学士，三人也都入阁理事。
同时又以张慎言为吏部尚书，刘宗周为都察院左都御史，高弘图户部左侍郎，升吕大器吏部左侍郎，李沾太常少卿，郭维经应天府丞，起徐石麟都察院左都御史，张国维兵部尚书协理戎政，黄道周、何楷、张有誉、王心一、何应瑞、高倬、解学龙、贺世寿、黄宗羲等人，也都得到了启用。
在内廷方面，王徳化虽然没有像另一时空一样投降清朝，但在弘光朝中，靠着商毅也有捧回遗诏玉玺之功，仍然出任司礼监掌印太监，还是实现了在这个位置上的帽子戏法。当然他也许还有机会来一次连下四城。内廷的另一个重要位置，司礼监秉笔太监，则甴在朱甴崧登基中立下大功的太监卢九徳出任，同时他还付责掌管锦衣卫。沈扬、刘知用、赵从夫等锦衣卫人员，也都各复原职，每个人还都加封了虚衔。
而另一位重要的内廷人员，南京的镇守太监韩赞周，则因为没有位置，而被挤出了南京，接替郑敬高，出任江苏织造太监。
总体来看，东林党和马党基本都达到了自己的目标，东林党不仅抢到了最有价值的內阁首辅位置，而且在五名内阁成员占了三席，同时朝中近半重要的官职也都被东林党占据，可以算是弘光朝廷的第一大势力。
但马士英尽管没有取得内阁首辅的位置，但也如愿以偿的进入内阁，而且还是内阁次辅，也为以后夺权，打下了一个好的基础。