曾国藩到天津后，满清朝廷很积极的配合他，慈禧以皇帝名义给曾国藩下了一道圣旨，任命他为钦差大臣，全权处理天津教案。
曾国藩本来在满清的威望就极高，当地官员对他不敢不尊敬，另外聪明的满清官员没人想沾染这种麻烦事，因此一到天津，大家乐的听曾国藩做主。
曾国藩到天津后，听取各种人的说法，几千老百姓之所以突然起来围攻教堂，引发的原因是四五月间，天津发生了好几起儿童失踪案件。六月份，天津爆发了疫病，天津一些收养孤儿的洋人教堂育婴堂中也死了不少婴儿，教堂每天都去郊外埋人。
老百姓看到洋人不断的埋葬婴儿的尸体，很快一种由来已久的说法就流传开来，都说洋人的修女杀死小儿做药用。这时候恰好官府抓到了一个贩卖儿童的人贩子，而人贩子交代说他把孩子卖给了教堂。
一下子天津人就怒了，本来对教堂就没好印象，尤其是天主教，那些神父急切的想要传教，因此对教徒不加分辨，良莠不齐什么人都要。
同时天主教是一个从教皇到神父是一个严密的组织，从历史上，他们就比较偏激，打击过各种其他宗教不说，连新教他们都镇压过，向来有一种唯我独尊的傲慢，加上这个时代的洋人比较强势，在其他文明面前有一种傲慢，于是经常出现教堂神父利用治外法权来包庇他们的教徒。
可这些轻易抛弃传统的文化，投靠教堂的人中，大部分是一群痞子，惯常欺负人，加入教堂就是为了仗势欺人，结果大家将这些流氓无赖的恨，都转移到了教堂身上。
老百姓原先就对他们没好印象，现在更是相信他们在贩卖儿童、残害儿童，因此发生了包围教堂的事情。
到现在还只是群体性事件，还没有发生暴力冲突，事情还有解决的余地。如果此时清廷积极出面调查，还可以解释。可是清廷的官员早就习惯了推诿责任，那种士大夫的责任心，早就离他们远去了。所以一概的推诿。
洋人强势惯了，法国公使丰大业要求当地官府驱逐百姓，当地官府再三推诿，尤其是跟县令产生了争执后，丰大业竟然直接开枪，县令躲过去了，但是仆人被打死了。
洋人的蛮横，让清廷官府恼怒了，然后老百姓攻进了教堂，杀了神父、修女，打进了领事馆，杀了外交官，如果说其中没有官府的默认和推动，显然是不可能的。
到了此时，教案才真正失控。
曾国藩了解了事情的原委后，他认为，首要问题，是弄清楚洋人是不是真得拿小儿做药的事实。其实曾国藩何尝不明白这件事多么不靠谱，清廷的聪明官员们也明白这个道理，所以没人来，都看着曾国藩一步步卷进激流。
曾国藩请来当地的名望乡绅，大家一起进入教堂搜查，没有发现任何传言中的现象，相反他们看到那些被丢弃的孩子，在这里得到了最好的照顾，他们得到了食物，得到了医治，唯一让他们不太满意的是，教堂一直在教育这些孩子信仰上帝。
但是那些充满荒诞的传言，一件都没有，没有用人眼睛做药的事情。当然没有这些事情，曾国藩来之前就知道不可能有这些事情。但他还是要来探查，一方面是用自己和这些有名望的乡绅的眼睛，帮老百姓见证一番，在通过他们的口告诉大家真相。他相信老百姓，至少是那些读书人是能够明辨是非的。另一方面，曾国藩主要是想来探查一下诱拐儿童的事实，他不相信洋人用孩子做药，但是他怀疑洋人为了传教，真的把儿童诱拐到这里来进行教育。
事实都没有，洋人连诱拐的行为也没有，但是洋人确实有给人贩子钱的情况，他们如实不讳的告诉了曾国藩，还拿出他们的记录簿给曾国藩查看，他们告诉曾国藩说，因为经常有弃婴的现象，他们为了鼓励大家把被丢弃的孩子送到教堂中来养育，所以给热心民众一点奖励。正是这点奖励，反而助长了一些不法分子，他们不是捡拾弃婴，而是直接贩卖儿童。
曾国藩是一个至诚之人，这是内心的信仰，是他精神的支撑，他不会违背自己的精神，所以他认可了洋人的说法。
接着他向天津老百姓发出《谕天津士民》，先是赞扬“天津士民皆好义，各秉刚气”，然后才批评他们没有“迷拐之确证，挖眼之实据”便“徒凭纷纷谣言，即思一打泄忿”，教育天津人说“或好义而不明理，或有刚气而无远虑，皆足以偾事而致乱。”
其实就是劝告天津人不要无理闹事，给国家惹麻烦。
接着曾国藩拒绝法国提出的要求处死天津提督陈国瑞及天津府县官员张文藻、刘杰三人以抵命的要求，只以养病为名将张、刘二人放回原籍躲避风头，陈国瑞更是直接送往京城。
按理说，曾国藩选择以息事宁人的方式，其实很附和中庸之道，各大三十大板，高高举起轻轻放下，如果双方各让一步睁只眼闭只眼也就算了。尤其是官员，曾国藩认为，如果在跟洋人的交涉中，随意处死本国的官员，只会打击朝廷的威信，同时造成官员在跟洋人接触中畏首畏尾，不敢据理力争的情况，这种情况其实在上海等口岸已经很普遍了。因此曾国藩不肯杀官员。
可是清廷实在是太恐慌法国人发兵，尤其是内斗太严重，曾国藩名气虽然大，但往往这种名望越重的官员，遭遇的攻击就越大，因为攻击这种人，是那些以弹劾人出名的清流言官最便捷的出名渠道。