这次王辅茞代表的官僚集团跟皇帝的对抗，让周琅是极为惊讶的，之所以惊讶是因为没有想到。
因为他跟王辅茞为代表文臣集团并没有表现出来的矛盾这么激烈，之前也有冲突，但问题都不大，而且不是因个人慾望而起的权力争斗，基本上是理念之争，争论也都在君子之争的范围内解决，但这次却直接激化了。
跟王辅茞对文臣们的士大夫风骨压倒皇帝的为所欲为而窃喜不同，周琅感觉到情况要严重的多。
大体上，现在的官僚机构分为两块，王辅茞以丞相身份总领六部，周琅则在六部之外利用内务府之类的皇家机构，打造了现代商业税收体系、工业管理体系等等。
两套机构都有各自的财政支持，因此越来越独立。
但对抗还不至于，因为明清时期的丞相权力是越来越小的，两朝都不设丞相官职，明朝还有丞相的影子，形成了内阁首辅制度，满清干脆连这个制度都没有形成，皇权强大无比。
大周接过来的是满清的政治体制，所以王辅茞虽有丞相的职位，权力上甚至不如明朝的内阁首辅。基本上督抚一级的官员任免，都是周琅亲自定的，王辅茞拥有建议之权，而没有决定权，他可以推荐候选人，却做不了主。知府及以下的官职，丞相可以直接任免，这是他的权力范畴；可他却又无法一言以决，不是他想让谁当官，谁就能当官的，其中有一套严密的程序。就像丞相有向皇帝推荐督抚人选的权力一样，主管全国官员任用的是吏部，就算丞相也得通过吏部来走这套程序，事实上吏部可以直接任免县令，不需要丞相批准。
所以在最重要的人事权上，王辅茞基本上只对州府官员有决定权，还要受制于吏部。吏部不推荐，他无权任用一个不相关的人。
故老相传的这一套制度，之所以能让中国保持两千年的领先，不是没有道理的。他其中的制衡道理很深刻。
但周琅觉得，这种制衡在明清时期基本流于形式，主要是被太多的人情所干扰，没人愿意得罪人。改革人情社会的风气，比改革吏治更难，所以周琅暂时不考虑移风易俗的问题，他只能考虑如何把人情的干扰从这种制衡的政治制度中排除出去即可。
所以从最开始创业，他就一直坚持一个原则，各部门之间独立运作，不受其他部门干扰。吏部的官员，一定是从县衙的吏科吏员慢慢爬上来的，而不是突然把户部尚书调到吏部任职。没有这种操作。
于是六部就成了六个独立的官僚体系，不会形成错综复杂的人脉圈子，户部的圈子就是户部的，吏部的圈子就是吏部的，当然还是无法排除同年、同乡之类的关系圈子，可毕竟利益圈子缩小了。
这样吏部官员任用的时候，就不用考虑某个候选人的爹是户部尚书，这个户部尚书听说要调来吏部任职了，所以赶紧提拔他儿子，好讨好一下上级这样的现象。
户部拨款的时候也不用考虑，这个项目的负责人的二大爷是户部侍郎，很有可能要升迁成尚书这样的事情。
而且这样不但排除了人脉圈子过于复杂的现象，而且保证了专业性，一个户部尚书突然调到工部，他不可能具备工程师的专业技能，一个礼部主掌祭祀仪式做的好的官员，调到户部去也不可能马上就精通会计了。
可是这样保证了专业性之后，却不可避免的出现了另一种政治现象，叫做派系！
这种派系因部门利益而凝聚在一起，凝聚力极强，确实在履行职责的时候受到的干扰更小，却也在权力倾轧的时候，战斗力更强。现在还没有显现出来，因为国家初定，上层基本稳定，不存在大规模的人事变动，可如果将来丞相职位空缺，估计六部尚书都会疯狂竞争，各自派系的官员会乱作一团。
情况甚至可能会超出六部，因为现在六部甚至都可以算作一个派系，领袖是王辅茞，而周琅组建的那一套工商业体系的官员，则算是另一个派系。
这不是周琅的猜测，而是已经形成的事实，他已经确定，工商业体系的官员，已经有了自己独立的身份认同，大家虽然不可避免的要跟传统六部系统的官员交流，但他们自称皇选官。
他们自成一派，往往都是从各种官办学校毕业，进入工商业系统任职，一路升迁上来，由于这些系统都是皇帝亲自掌管，由内务府管辖，他们在学校的时候就已经开始自认天子门生，进入官场就自称皇选官。
相对应的，科举出身的六部官员，则自称科选官。
连六部都不互动，更何况专业性更强的工商业和传统民政官员了，所以这种身份认同不但出现了，而且一定会越来越深刻。
周琅不能任由这种情况继续发展，所以他才急迫的推行科举改革，他试图让科举出身的官员跟学校出身的官员在知识层面变得更加接近。