长州藩也没闲着，先攻占了幕府直辖领地石见国，夺取了石见银矿；接着攻占幕府亲藩大名松平氏领地出云国。降服统治安艺国和备后国的广岛藩，长州藩毛利家的势力，已经基本回复到战国时代，成为西南第一强藩。
四大强藩瓜分九州岛，土佐藩一统四国岛，长州藩攻略中国地区，同时结成同盟，约定倒幕。幕府当然不能容忍这种叛乱，宣布四藩叛乱，招募各藩国讨伐。四藩国则联合长州、土佐藩，积极应战。
幕府的大军，也已经集结到了备中一带，一场决战不可避免。
由于中国海外公司长期雇佣日本下层武士，让幕府和倒幕派中，都有大量接受过正规训练的武士，利用这些武士，双方都建立了现代化軍队。长州藩之所以更强一些，是因为他们学习的更加彻底，他们的藩士吉田松阴，早在中国开始招募日本武士之前，就求学中国。
当时吉田松阴从中国走私商人哪里听到中国招募了九百万大军，跟西夷作战，让他极为惊讶，他很难想像一个国家可以武装九百万武士。这种盛况让他不顾幕府的锁国令，擅自称作走私船来到了中国，千方百计，混进了晋商的运输队，真的去战场上看了一番。
之后深受触动，在中国学习了五年，他很想进军校，但没有渠道，他想尽办法，从军校学生哪里弄到了一套军事教材，然后一边打工，一边自学，市场去校场观摩，通过自学摸清了现代化军事制度的原理。
回到日本之后，他一开始被长州藩作为脱藩武士对待，可藩士得知他学到的知识后，向藩主举荐，藩主让他创办学校，开始在长洲普及现代军事学。几年后他培养出了一批军官，以这些军官为骨干，根据吉田松阴的建议，长州藩建立了奇兵队，招募浪人和农民当兵，成为一支非武士軍队。
长州藩同样通过在中国軍队中服役过的下级武士管理軍队，軍队中高低军官配置合理，结果长州軍队鹤立鸡群，百战百胜。
当备中决战开始后，长州联军兵力虽然只有八万，幕府军高达十二万，结果长州藩再次击败幕府军，将势力范围推进到了姬路城。
此时日本倒幕战争朝着新的战国争霸演化，照此发展下去，毛利家有可能取代德川家，建立新的幕府。
长州藩本来自己就打造了一些军工厂，英国人在印度生产的武器装备，又源源不断的送来，他们自己有日本唯一的军校，对幕府的优势越来越明显。日本各地的大名开始站队，知道胜负将决定自己家族未来几百年的荣辱。
幕府最大的麻烦，并不是人力物力不如对方，而是出在了政治腐朽上，作为现政权，所有的社会不满情绪，都集中在幕府身上，数以十万计的贫苦武士，都将自己的困境归罪于幕府的统治，不管毛利家能不能改变他们的未来，但至少是一种可能。于是下级武士纷纷投靠毛利家，为毛利家补充着源源不断的兵员。
幕府的军事体系严重落后，空有庞大的人力物力，却无法将人力物力组织起来，而且还要面对境内持续不断的叛乱，接连战败让农民、市民纷纷暴动。
幕府的靠山中国，却在玩议会制，皇太子没兴趣每周跟幕府通一次电报。幕府唯一能依靠的，只有中国领事，领事将情况汇报给了国内，国内一时拿不定主意。让领事尽量斡旋。
中国领事的面子，倒幕派还是要给的，毛利敬亲亲自会见领事，提出了一些要求。毛利敬亲并不要求幕府下台，但要求公武合体，让强藩参与幕府政治，由强藩轮流派遣人员在幕府担任要职。而且要保证他们已经夺取的领地，保证藩国在领地的管理中拥有绝对的权力，包括矿山、港口和关税都归藩国管理。
幕府拒绝了这些要求，这等于把幕府架空，让强藩控制幕府。
于是战争再次爆发，这次东北强藩也终于加入了进来，他们先是在自己领地内，驱逐了幕府官员，控制了本国的矿产和港口，接着公开表明态度，加入倒幕派。
幕府开始面临两线作战的处境。